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- PDB-1fan: CREVICE-FORMING MUTANTS IN THE RIGID CORE OF BOVINE PANCREATIC TR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fan
タイトルCREVICE-FORMING MUTANTS IN THE RIGID CORE OF BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR: CRYSTAL STRUCTURES OF F22A, Y23A, N43G, AND F45A
要素BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / negative regulation of platelet aggregation / potassium channel inhibitor activity / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / negative regulation of platelet aggregation / potassium channel inhibitor activity / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Danishefsky, A.T. / Wlodawer, A. / Kim, K.-S. / Tao, F. / Woodward, C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Crevice-forming mutants in the rigid core of bovine pancreatic trypsin inhibitor: crystal structures of F22A, Y23A, N43G, and F45A.
著者: Danishefsky, A.T. / Housset, D. / Kim, K.S. / Tao, F. / Fuchs, J. / Woodward, C. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Crevice-Forming Mutants of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor: Stability Changes and New Hydrophobic Surface
著者: Tao, K.-S.Kim.F. / Fuchs, J. / Danishefsky, A.T. / Housset, D. / Wlodawer, A. / Woodward, C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Y35G Mutant of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor
著者: Housset, D. / Kim, K.-S. / Fuchs, J. / Woodward, C. / Wlodawer, A.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1990
タイトル: Structural Effects Induced by Removal of a Disulfide-Bridge. The X-Ray Structure of the C30A(Slash)C51A Mutant of Basic Pancreatic Trypsin Inhibitor at 1.6 Angstroms
著者: Eigenbrot, C. / Randal, M. / Kossiakoff, A.A.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: X-Ray Crystal Structure of the Protease Inhibitor Domain of Alzheimer'S Amyloid Beta-Protein Precursor
著者: Hynes, T.R. / Randal, M. / Kennedy, L.A. / Eigenbrot, C. / Kossiakoff, A.A.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of Form III Crystals of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor
著者: Wlodawer, A. / Nachman, J. / Gilliland, G.L. / Gallagher, W. / Woodward, C.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Comparison of Two Highly Refined Structures of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor
著者: Wlodawer, A. / Deisenhofer, J. / Huber, R.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Structure of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor. Results of Joint Neutron and X-Ray Refinement of Crystal Form II
著者: Wlodawer, A. / Walter, J. / Huber, R. / Sjolin, L.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Pancreatic Trypsin Inhibitor. A New Crystal Form and its Analysis
著者: Walter, J. / Huber, R.
履歴
登録1992年8月21日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4511
ポリマ－6,4511
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.310, 23.190, 29.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: TWO ALTERNATE CONFORMATIONS ARE GIVEN FOR THE SIDE CHAIN OF GLU 7.

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要素

#1: タンパク質 BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR


分子量: 6451.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00974
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.42 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
20.6 Mpotassium phosphate1drop
31.2-1.3 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 3493 / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 1
詳細: DENSITY FOR 2 CARBOXY-TERMINAL RESIDUES (GLY 57, ALA 58) WAS UNCLEAR IN THE FINAL MAPS AND TEMPERATURE FACTORS ARE HIGH FOR THIS REGION.
Rfactor反射数
Rwork0.169 -
obs0.169 3395
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数453 0 0 56 509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.3993
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.2123.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.8884
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.5965
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 3395 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.030.034
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.05
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.015
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.150.158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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