PDB-5xx6: Hetero-micro-seeding: Crystal structure of BPTI-[5,55]C14GA38I va...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xx6

タイトル

Hetero-micro-seeding: Crystal structure of BPTI-[5,55]C14GA38I variant using micro-seeds from -C14GA38G variant

要素

Pancreatic trypsin inhibitor

キーワード

HYDROLASE / HYDROLASE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Islam, M.M.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: A hetero-micro-seeding strategy for readily crystallizing closely related protein variants
著者: Islam, M.M. / Kuroda, Y.

履歴

登録	2017年7月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xx6.cif.gz	44.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xx6.ent.gz	29.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xx6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xx6_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xx6_full_validation.pdf.gz	450 KB	表示
XML形式データ	5xx6_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	5xx6_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xx6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xx7C 5xx8C 2zvxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xx8-1 1jv9-d 5xx7-1 5xx2-2 5xx2-1 1pit-d 1qlq-d 1bpi-d 1ld5-d 4pti-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (8) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Pancreatic trypsin inhibitor

B: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

13.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.163, 41.284, 53.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pancreatic trypsin inhibitor / Aprotinin / Basic protease inhibitor / BPTI 分子量: 6409.323 Da / 分子数: 2 / 変異: A14G, A38I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00974
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-30% PEG4000; 0.2M Lithium Sulfate; 0.1M Tris-HCl pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 101 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→53.22 Å / Num. obs: 26484 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 4.34
反射シェル	解像度: 1.31→1.36 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 4.34 / R_sym value: 0.289 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXL	5.8.0158	データ収集
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.8.0158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZVX

2zvx

解像度: 1.31→53.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 0.878 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20951	1290	5 %	RANDOM
R_work	0.17906	-	-	-
obs	0.18063	24626	97.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.007 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.31→53.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	896	0	15	260	1171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.02	951
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.62	1.978	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.276	3	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.482	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.047	21.556	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.784	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.017	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.203	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.226	1.048	468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.227	1.047	467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.727	1.571	583
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.726	1.573	584
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.281	1.317	483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.285	1.317	480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.318	1.875	697
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.546	15.619	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.828	13.794	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.308→1.342 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	112	-
R_work	0.226	1779	-
obs	-	-	97.68 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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