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- PDB-1f91: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I IN COMPLEX WITH C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f91
タイトルBETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I IN COMPLEX WITH C10 FATTY ACID SUBSTRATE
要素BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
キーワードTRANSFERASE / Thiolase fold family / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANOIC ACID / HYDROXIDE ION / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Olsen, J.G. / Kadziola, A. / Wettstein-Knowles, P.V. / Siggaard-Andersen, M. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structures of beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I complexed with fatty acids elucidate its catalytic machinery.
著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Larsen, S.
履歴
登録2000年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
B: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
C: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
D: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,43012
ポリマ－170,6734
非ポリマー7578
水7,566420
1
A: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
B: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7156
ポリマ－85,3362
非ポリマー3794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
2
C: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
D: BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7156
ポリマ－85,3362
非ポリマー3794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.5, 141.5, 213.0
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
BETA-KETOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I / KAS I


分子量: 42668.191 Da / 分子数: 4 / 変異: C163S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#3: 化合物
ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 2% PEG400, 0.1 M bis-Tris propane pH 6.5, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
21.9 Mammonium sulfate1reservoir
32 %PEG4001reservoir
40.1 Mbis-Tris propane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5184
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→500 Å / Num. all: 71413 / Num. obs: 70763 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 3565 5 %Random
Rwork0.1736 ---
all-71413 --
obs-70763 99.1 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.458 Å20 Å20 Å2
2---1.329 Å20 Å2
3---0.871 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11932 0 48 420 12400
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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