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- PDB-1f8v: THE STRUCTURE OF PARIACOTO VIRUS REVEALS A DODECAHEDRAL CAGE OF D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8v
タイトルTHE STRUCTURE OF PARIACOTO VIRUS REVEALS A DODECAHEDRAL CAGE OF DUPLEX RNA
要素
  • (MATURE CAPSID PROTEIN ...) x 2
  • RNA
キーワードVirus/RNA / nodavirus / coat protein / nucleoprotein / protein-RNA interactions / RNA duplex / RNA cage / gamma polypeptide / beta-sandwich / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nodavirus endopeptidase / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase A6, nodavirus coat protein / Peptidase A6 family / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Capsid protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pariacato virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, electron density averaging / 解像度: 3 Å
データ登録者Tang, L. / Johnson, K.N. / Ball, L.A. / Lin, T. / Yeager, M. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: The structure of pariacoto virus reveals a dodecahedral cage of duplex RNA.
著者: Tang, L. / Johnson, K.N. / Ball, L.A. / Lin, T. / Yeager, M. / Johnson, J.E.
履歴
登録2000年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: RNA
A: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
D: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
B: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
E: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
C: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
F: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,8799
ポリマ－135,7437
非ポリマー1362
水3,945219
1
R: RNA
A: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
D: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
B: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
E: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
C: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
F: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,152,733540
ポリマ－8,144,564420
非ポリマー8,168120
水6,485360
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: RNA
A: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
D: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
B: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
E: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
C: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
F: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 679 kDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)679,39445
ポリマ－678,71435
非ポリマー68110
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: RNA
A: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
D: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
B: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
E: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
C: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
F: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 815 kDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)815,27354
ポリマ－814,45642
非ポリマー81712
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
R: RNA
A: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
D: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
B: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
E: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
C: MATURE CAPSID PROTEIN BETA
F: MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 8.15 MDa, 420 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,152,733540
ポリマ－8,144,564420
非ポリマー8,168120
水6,485360
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)329.332, 346.944, 424.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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41generate(-0.38245567, -0.44166871, 0.8115765), (-0.36366914, 0.8794137, 0.30720726), (-0.84939533, -0.17765217, -0.49695803)30.97955, -1.70554, 228.8934
42generate(0.31133368, 0.50267494, 0.80646714), (-0.43316431, 0.83042133, -0.3503842), (-0.84583687, -0.24024638, 0.47627898)-26.86156, 73.29506, 126.24738
43generate(0.48602786, 0.81763417, -0.30862806), (-0.8227915, 0.30905456, -0.47696901), (-0.29460325, 0.48575677, 0.82295157)75.70346, 119.39176, 43.40778
44generate(-0.09979455, 0.06794604, -0.99268544), (-0.99409916, 0.03582455, 0.10238874), (0.04251941, 0.9970456, 0.06397)196.93325, 72.88047, 94.8561
45generate(-0.63654689, -0.71034594, -0.30036095), (-0.71034594, 0.38832588, 0.58703633), (-0.30036095, 0.58703633, -0.75177899)169.29235, -1.96177, 209.49251
46generate(0.77914874, 0.2447487, -0.57708345), (-0.41161864, -0.49455779, -0.76549506), (-0.47275504, 0.83397282, -0.28459095)79.27005, 115.1356, 174.86853
47generate(0.18804, -0.54280008, -0.8185408), (-0.54280008, -0.75200168, 0.37398068), (-0.8185408, 0.37398068, -0.43603832)154.40038, 6.34534, 219.89079
48generate(-0.09979455, -0.99409916, 0.04251941), (0.06794604, 0.03582455, 0.9970456), (-0.99268544, 0.10238874, 0.06397)88.07006, -110.5676, 181.96268
49generate(0.31342266, -0.48546856, 0.81614124), (0.57658933, 0.78017182, 0.24264517), (-0.75452699, 0.39452784, 0.52443951)-28.05467, -74.03352, 113.49957
50generate(0.85663949, 0.28018153, 0.43320561), (0.28020206, 0.45237751, -0.84666487), (-0.43319233, 0.84667166, 0.30901699)-33.49337, 65.45873, 109.11514
51generate(0.10317458, 0.98748921, 0.11924789), (-0.02637013, -0.11712996, 0.99276643), (0.99431364, -0.10557284, 0.01395538)62.92252, -102.18143, 20.02763
52generate(-0.22108519, 0.60742291, -0.76299328), (0.55920384, 0.71992265, 0.41109906), (0.79900714, -0.33578086, -0.49883746)182.9845, -90.28541, 90.38737
53generate(-0.80295182, -0.19819965, -0.56212567), (0.38018082, 0.55603728, -0.73911101), (0.45905437, -0.80717993, -0.37111944)210.82182, 45.73562, 105.5615
54generate(-0.83830541, -0.31603546, 0.44425851), (-0.31603546, -0.38230207, -0.86831257), (0.44425851, -0.86831257, 0.22060748)107.96424, 117.90521, 44.57989
55generate(-0.27828849, 0.41676055, 0.86537053), (-0.56729777, -0.7983423, 0.20204656), (0.77506694, -0.43469554, 0.45859681)16.55744, 26.48745, -8.28295
56generate(-0.49986766, -0.79056921, -0.35374094), (0.80165791, -0.26772595, -0.53447863), (0.32783672, -0.55074781, 0.7675936)163.40507, -11.24863, -3.1455
57generate(-0.27828849, -0.56729777, 0.77506694), (0.41676055, -0.7983423, -0.43469554), (0.86537053, 0.20204656, 0.45859681)26.05386, 10.645, -15.88149
58generate(0.41671851, 0.37466464, 0.82823432), (0.37466464, -0.90091638, 0.21903442), (0.82823432, 0.21903442, -0.51580213)-38.01815, -54.55977, 89.71209
59generate(0.6246773, 0.73355798, -0.26771431), (0.7335453, -0.4336943, 0.52327866), (0.26774907, -0.52326087, -0.80901699)59.73437, -116.75217, 167.7085
60generate(0.0581959, 0.01340386, -0.99821519), (0.99744165, -0.04236109, 0.05758198), (-0.04151366, -0.99901245, -0.01583481)184.22077, -89.98441, 110.31936

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#1: RNA鎖 RNA


分子量: 7701.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pariacato virus (ウイルス) / 属: Alphanodavirus

-
MATURE CAPSID PROTEIN ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#2: タンパク質 MATURE CAPSID PROTEIN BETA


分子量: 38432.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pariacato virus (ウイルス) / 属: Alphanodavirus / 参照: UniProt: Q9J7Z0
#3: タンパク質・ペプチド MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA


分子量: 4247.958 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pariacato virus (ウイルス) / 属: Alphanodavirus / 参照: UniProt: Q9J7Z0

-
非ポリマー , 3種, 221分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, lithium sulphate, calcium chloride, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2Li2SO411
3CaCl211
4Tris-HCl11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
175 mM1reservoirLi2SO4
25 mM1reservoirCaCl2
34 %(w/v)PEG80001reservoir
450 mM1reservoir
520 mg/mlprotein1drop
650 mMTris-HCl1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL9-210.98
シンクロトロンAPS 14-ID-B21
検出器
タイプID検出器日付
OTHER1CCD1999年11月14日
OTHER2CCD1999年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
211
反射解像度: 3→207 Å / Num. all: 1505825 / Num. obs: 1505825 / % possible obs: 81.2 % / 冗長度: 2.14 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 1.79 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 76058 / % possible all: 82.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 3226875
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.2 % / Num. unique obs: 76058 / Num. measured obs: 136241

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GLRF位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, electron density averaging
開始モデル: crystal structure of flock house virus

解像度: 3→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: throughtout / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The asymmetric unit of the crystal unit cell contains a virus particle. The 60-fold strict non-crystallographic symmetry was used in the electron density averaging and refinement. A BULK ...詳細: The asymmetric unit of the crystal unit cell contains a virus particle. The 60-fold strict non-crystallographic symmetry was used in the electron density averaging and refinement. A BULK SOLVENT MODEL WAS USED FOR DATA(3-20A, F>3SIGMA). All data(3-20A, F>3*sigma, working and testing sets) were used in the last cycle of refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 123840 10 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.218 1237980 65.6 %-
all-1464339 --
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7985 509 6 219 8719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.762.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 10208 10 %
Rwork0.304 101838 -
obs--43.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.SO4TOP.SO4
X-RAY DIFFRACTION4DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PARAM.CATOP.CA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.305 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.304 / Rfactor obs: 0.304

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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