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- PDB-1f8i: CRYSTAL STRUCTURE OF ISOCITRATE LYASE:NITROPROPIONATE:GLYOXYLATE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ISOCITRATE LYASE:NITROPROPIONATE:GLYOXYLATE COMPLEX FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
要素ISOCITRATE LYASE
キーワードLYASE / AlPHA-BETA Barrel / Swapped Helices / closed conformation / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / glyoxysome / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / zymogen binding / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle ...methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / glyoxysome / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / zymogen binding / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYOXYLIC ACID / SUCCINIC ACID / Isocitrate lyase 1 / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sharma, V. / Sharma, S. / Hoener zu Bentrup, K. / McKinney, J.D. / Russell, D.G. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of isocitrate lyase, a persistence factor of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Sharma, V. / Sharma, S. / Hoener zu Bentrup, K. / McKinney, J.D. / Russell, D.G. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2000年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOCITRATE LYASE
B: ISOCITRATE LYASE
C: ISOCITRATE LYASE
D: ISOCITRATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,62316
ポリマ－188,7584
非ポリマー86612
水18,9521052
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34790 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area48790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.291, 129.018, 166.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ISOCITRATE LYASE / ICL


分子量: 47189.410 Da / 分子数: 4 / 変異: C191S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / プラスミド: PET30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5H3, UniProt: P9WKK7*PLUS, isocitrate lyase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#4: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1052 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 8
詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris.HCl, magnesium acetate, glyoxylate, 3-nitropropionate, pH 8.0, Microbatch under Paraffin oil, temperature 289.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl1reservoir
20.2 Msodium acetate1reservoir
320-30 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→99 Å / Num. all: 75213 / Num. obs: 72007 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.12 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Num. unique all: 6128 / % possible all: 79.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 296878 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化解像度: 2.25→35.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 199873.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 7263 10.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.175 71997 --
obs0.166 71739 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.37 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å20 Å20 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3----5.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→35.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13232 0 56 1052 14340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.62.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1078 10 %
Rwork0.192 9753 -
obs--85.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LIG.PARLIG.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rfree: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.62.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.249 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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