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- PDB-1f6f: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX BETWEEN OVINE PLACENTAL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f6f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX BETWEEN OVINE PLACENTAL LACTOGEN AND THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE RAT PROLACTIN RECEPTOR
要素
  • PLACENTAL LACTOGEN
  • PROLACTIN RECEPTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR/HORMONE RECEPTOR / 4-helical bundle / alpha helical bundle / ternary complex / FN III domains / beta sheet domains / cytokine-receptor complex / HORMONE-GROWTH FACTOR-HORMONE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Prolactin receptor signaling / prolactin receptor activity / prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / regulation of epithelial cell differentiation / Growth hormone receptor signaling / mammary gland epithelium development / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / mammary gland development ...Prolactin receptor signaling / prolactin receptor activity / prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / regulation of epithelial cell differentiation / Growth hormone receptor signaling / mammary gland epithelium development / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / mammary gland development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / cytokine binding / peptide hormone binding / mammary gland alveolus development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of cell adhesion / positive regulation of B cell proliferation / lactation / female pregnancy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to bacterium / response to nutrient levels / cytokine-mediated signaling pathway / hormone activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : ...Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolactin receptor / Chorionic somatomammotropin hormone
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Elkins, P.A. / Christinger, H.W. / Sandowski, Y. / Sakal, E. / Gertler, A. / De Vos, A.M. / Kossiakoff, A.A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Ternary complex between placental lactogen and the extracellular domain of the prolactin receptor.
著者: Elkins, P.A. / Christinger, H.W. / Sandowski, Y. / Sakal, E. / Gertler, A. / de Vos, A.M. / Kossiakoff, A.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization of Ovine Placental Lactogen in a 1:2 Complex with the Extracellular Domain of the Rat Prolactin Receptor
著者: Christinger, H.W. / Elkins, P.A. / Sandowski, Y. / Sakal, E. / Gertler, A. / Kossiakoff, A.A. / De Vos, A.M.
履歴
登録2000年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLACENTAL LACTOGEN
B: PROLACTIN RECEPTOR
C: PROLACTIN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7713
ポリマ－71,7713
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.180, 63.100, 88.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a complex of the hormone (chain A) bound to 2 copies of the receptor (chains B and C). The copies of the receptor are not related by precise symmetry.

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要素

#1: タンパク質 PLACENTAL LACTOGEN


分子量: 22601.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / プラスミド: PET8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16038
#2: タンパク質 PROLACTIN RECEPTOR


分子量: 24584.494 Da / 分子数: 2
Fragment: EXTRACELLULAR DOMAIN; N-TERMINAL FIBRONECTIN TYPE III DOMAINS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05710
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, isopropanol, MPD, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
詳細: Christinger, H.W., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 54, 1408.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %PEG40001reservoir
215 %2-propanol1reservoir
31 %MPD1reservoir
40.1 MMES1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 36413 / Num. obs: 33034 / % possible obs: 90.7 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.3→30 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / Num. unique all: 2537 / % possible all: 70.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Model bias was reduced by adding experimental phase information using cross-crystal averaging from a non-isomorphous mercury derivative.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 2043 -random
Rwork0.225 ---
all-36413 --
obs-33034 90.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4507 0 0 120 4627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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