[日本語] English
万見
- PDB-1f5m: STRUCTURE OF THE GAF DOMAIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f5m
タイトルSTRUCTURE OF THE GAF DOMAIN
要素GAF
キーワードSIGNALING PROTEIN / GAF / cGMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine (R)-S-oxide reductase / L-methionine (R)-S-oxide reductase activity / cellular response to oxidative stress / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Free Met sulfoxide reductase conserved site / Uncharacterized protein family UPF0067 signature. / : / GAF domain / GAF domain / GAF domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Free methionine-R-sulfoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ho, Y.S. / Burden, L.M. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Structure of the GAF domain, a ubiquitous signaling motif and a new class of cyclic GMP receptor.
著者: Ho, Y.S. / Burden, L.M. / Hurley, J.H.
履歴
登録2000年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GAF
B: GAF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,22611
ポリマ－39,5072
非ポリマー7199
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
2
A: GAF
B: GAF
ヘテロ分子

A: GAF
B: GAF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,45122
ポリマ－79,0134
非ポリマー1,43818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area28830 Å2
手法PISA
3
A: GAF
B: GAF
ヘテロ分子

A: GAF
B: GAF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,45122
ポリマ－79,0134
非ポリマー1,43818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.640, 73.640, 162.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 GAF


分子量: 19753.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36088
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, Tris buffer, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1drop
32 mMdithiothreitol1drop
40.1 MTris-HCl1reservoir
50.2 M1reservoirLi2SO4
62.0 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.915
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 67128 / Num. obs: 36203 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.545 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 901143
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 99.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.73

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 1.9→500 Å
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2788 -Random
Rwork0.214 ---
all0.246 67290 --
obs0.214 64443 95.8 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å20 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3---3.181 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 9 346 3079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016334
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.72526
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5671.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.3322
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.3622
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.2622.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 500 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る