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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f3x | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | S402P MUTANT OF RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE | |||||||||
要素 | PYRUVATE KINASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / pyruvate kinase / S402P / muscle isozyme | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() | |||||||||
| 手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wooll, J.O. / Friesen, R.H.E. / White, M.A. / Watowich, S.J. / Fox, R.O. / Lee, J.C. / Czerwinski, E.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001タイトル: Structural and functional linkages between subunit interfaces in mammalian pyruvate kinase. 著者: Wooll, J.O. / Friesen, R.H. / White, M.A. / Watowich, S.J. / Fox, R.O. / Lee, J.C. / Czerwinski, E.W. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 1f3x.cif.gz | 770 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb1f3x.ent.gz | 636.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 1f3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 1f3x_validation.pdf.gz | 469.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 1f3x_full_validation.pdf.gz | 629 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 1f3x_validation.xml.gz | 101.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 1f3x_validation.cif.gz | 147.3 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9999, 0.00019, 0.01408), ベクター: 詳細 | The biological assembly is a tetramer of homomonomers | |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 57992.852 Da / 分子数: 8 / 変異: S402P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-PYR / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 8000, manganese chloride, potassium chloride, sodium pyruvate, succinate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 105 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
| 検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2000H / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月30日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.8→36 Å / Num. all: 92167 / Num. obs: 92167 / % possible obs: 81.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Num. unique all: 15897 / % possible all: 79.2 |
| 反射 | *PLUS |
| 反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 |
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解析
| ソフトウェア |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 解像度: 2.8→36 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3457707.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Restrained non-crystallographic symmetry followed by two-fold density averaging. Overall R after averaging = 0.113, Correlation Coefficient = 0.963.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.53 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 39 Å2
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| Refine analyze |
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→36 Å
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| 拘束条件 |
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| Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
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| Xplor file |
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| ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化 | *PLUS 最低解像度: 36 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.273 / Rfactor Rfree: 0.239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 | *PLUS
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| LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.368 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.343 |
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