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- PDB-1f3e: A NEW TARGET FOR SHIGELLOSIS: RATIONAL DESIGN AND CRYSTALLOGRAPHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f3e
タイトルA NEW TARGET FOR SHIGELLOSIS: RATIONAL DESIGN AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF INHIBITORS OF TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE
要素QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / TRNA-MODIFYING ENZYME / GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-DIAMINOPHTHALHYDRAZIDE / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Graedler, U. / Gerber, H.-D. / Goodenough-Lashua, D.M. / Garcia, G.A.G. / Ficner, R. / Reuter, K. / Stubbs, M.T. / Klebe, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: A new target for shigellosis: rational design and crystallographic studies of inhibitors of tRNA-guanine transglycosylase.
著者: Gradler, U. / Gerber, H.D. / Goodenough-Lashua, D.M. / Garcia, G.A. / Ficner, R. / Reuter, K. / Stubbs, M.T. / Klebe, G.
履歴
登録2000年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年8月19日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_biol / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1833
ポリマ－42,9261
非ポリマー2582
水7,530418
1
A: QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3676
ポリマ－85,8512
非ポリマー5154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.670, 64.940, 71.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE / TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE


分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / プラスミド: PET9D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DPZ / 3,5-DIAMINOPHTHALHYDRAZIDE


分子量: 192.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Tris, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7.5
詳細: Romier, C., (1996) Proteins Struct. Funct. Genet., 24, 516.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMHEPES1drop
22 M1dropNaCl
31 mMdithiothreitol1drop
412 mg/mlprotein1drop
5100 mMTris-HCl1reservoir
613 %PEG80001reservoir
71 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→35.5 Å / Num. all: 35090 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.85→35.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.06 / Num. unique all: 35090 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
Num. obs: 35090 / % possible obs: 96.3 % / Num. measured all: 322171 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.336

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.85→35.5 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0.0001 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.238 3509 RANDOM
Rwork0.195 --
all-35090 -
obs-322171 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 15 418 3335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.431
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.092
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.491
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 35.5 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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