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- PDB-1f2n: RICE YELLOW MOTTLE VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2n
タイトルRICE YELLOW MOTTLE VIRUS
要素CAPSID PROTEIN
キーワードVIRUS / PLANT VIRUS / CAPSID PROTEIN / COAT PROTEIN / BETA-ANNULUS / DOMAIN SWAPPING / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rice yellow mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Qu, C. / Liljas, L. / Opalka, N. / Brugidou, C. / Yeager, M. / Beachy, R.N. / Fauquet, C.M. / Johnson, J.E. / Lin, T.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: 3D domain swapping modulates the stability of members of an icosahedral virus group.
著者: Qu, C. / Liljas, L. / Opalka, N. / Brugidou, C. / Yeager, M. / Beachy, R.N. / Fauquet, C.M. / Johnson, J.E. / Lin, T.
#1: ジャーナル: J.GEN.VIROL. / 年: 1994
タイトル: NUCLEOTIDE SEQUENCE AND GENOME CHARACTERIZATION OF RICE YELLOW MOTTLE VIRUS RNA
著者: YASSI, M.N. / RITZENTHALER, C. / BRUGIDOU, C. / FAUQUET, C. / BEACHY, R.N.
履歴
登録2000年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CAPSID PROTEIN
B: CAPSID PROTEIN
C: CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1496
ポリマ－78,0293
非ポリマー1203
水3,585199
1
A: CAPSID PROTEIN
B: CAPSID PROTEIN
C: CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,688,947360
ポリマ－4,681,733180
非ポリマー7,214180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CAPSID PROTEIN
B: CAPSID PROTEIN
C: CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 391 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,74630
ポリマ－390,14415
非ポリマー60115
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: CAPSID PROTEIN
B: CAPSID PROTEIN
C: CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 469 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,89536
ポリマ－468,17318
非ポリマー72118
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: CAPSID PROTEIN
B: CAPSID PROTEIN
C: CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.69 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,688,947360
ポリマ－4,681,733180
非ポリマー7,214180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)283.500, 401.800, 284.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.54724468, -0.80458246, 0.23058694), (0.7232674, 0.31595588, -0.61404898), (0.42119774, 0.50281105, 0.75483343)15.93512, -7.66651, -12.60505
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53generate(-0.80827529, -0.2383968, -0.53838464), (0.30339539, 0.61501104, -0.72781361), (0.50462093, -0.75161718, -0.42476974)169.64901, 30.917, 66.97189
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55generate(-0.42844252, 0.54876709, -0.7178382), (-0.49516349, -0.80712949, -0.3214889), (-0.75581091, 0.21770776, 0.61753802)155.2672, 59.05042, 82.34442
56generate(-0.01034316, -0.0022234, -0.99994404), (0.99991266, 0.00820481, -0.01036108), (0.00822739, -0.99996387, 0.00213834)145.54293, -71.47265, 71.81959
57generate(-0.42844252, -0.49516349, -0.75581091), (0.54876709, -0.80712949, 0.21770776), (-0.7178382, -0.3214889, 0.61753802)157.9995, -55.47122, 79.58997
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-
要素

#1: タンパク質 CAPSID PROTEIN


分子量: 26009.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: COLLECTED FROM RICE FIELD IN THE IVORY COAST AND WAS PROPAGATED UNDER CONTAINED CONDITIONS IN A SUSCEPTIBLE RICE VARIETY IR8 (ORYZA SATIVA L.)
由来: (天然) Rice yellow mottle virus (ウイルス) / 属: Sobemovirus / 参照: UniProt: Q86527
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3
詳細: 3.6% (w/v) PEG 8000, 200 mM lithium sulfate, 50 mM sodium citrate, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
136 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
3200 mMlithium sulfate1drop
450 mMsodium acetate1reservoir
5200 mMlithium sulfate1reservoir
63.6 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 739272 / Num. obs: 739272 / % possible obs: 48.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.83 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Num. unique all: 1399 / % possible all: 2.8
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GLRF位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: 60-fold non crystallographic symmetry constraints
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 56852 -RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.246 738802 --
obs0.227 567810 37.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4528 0 3 199 4730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg28
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.73
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 4
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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