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- PDB-1f2k: CRYSTAL STRUCTURE OF ACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN II, CUBIC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN II, CUBIC CRYSTAL FORM
要素PROFILIN II
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SEVEN-STRANDED INCOMPLETE ANTIPARALLEL UP-AND-DOWN BETA BARREL / ACTIN-BINDING PROTEIN / POLY-L-PROLINE BINDING PROTEIN / PIP2 BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Shi, W. / Mahoney, N. / Kaiser, D.A. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: A Comparative Structural Analysis of Profilins
著者: Fedorov, A.A. / Shi, W. / Mahoney, N. / Kaiser, D.A. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: X-ray Structures of Isoforms of the Actin-Binding Protein Profilin that Differ in their Affinity for Phosphatidylinositol Phosphates
著者: Fedorov, A.A. / Magnus, K.A. / Graupe, M.H. / Lattman, E.E. / Pollard, T.D. / Almo, S.C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Purification, Characterization and Crystallization of Human Platelet Profilin Expressed in Escherichia coli
著者: Fedorov, A.A. / Pollard, T.D. / Almo, S.C.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Molecular Basis for Allergen Cross-Reactivity: Crystal Structure and IgE-Epitope Mapping of Birch Pollen Profilin
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Mahoney, N. / Valenta, R. / Almo, S.C.
#4: ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 1998
タイトル: Crystal Packing Induces a Conformational Change in Profilin-I from Acanthamoeba Castellanii
著者: Liu, S. / Fedorov, A.A. / Pollard, T.D. / Lattman, E.E. / Almo, S.C. / Magnus, K.A.
#5: ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 1999
タイトル: Profilin Binds Proline-Rich Ligands in Two Distinct Amido Backbone Orientations
著者: Mahoney, N.M. / Rozwarski, D.A. / Fedorov, E.V. / Fedorov, A.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2000年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN II
B: PROFILIN II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8752
ポリマ－25,8752
非ポリマー00
水3,225179
1
A: PROFILIN II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9371
ポリマ－12,9371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROFILIN II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9371
ポリマ－12,9371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.524, 120.524, 120.524
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
詳細The biological assembly is a monomer constructed from chain A or from chain B

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN II


分子量: 12937.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19984
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.2
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 13681 / Num. obs: 13681 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称分類
EPMR位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACG

2acg


解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 622 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.238 13681 --
obs0.232 12902 93.4 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 0 179 2007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.87
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.92.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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