ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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AMoRE | | 位相決定 | CNS | 0.9 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 解像度: 1.9→22.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2037142.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.247 | 8631 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.217 | - | - | - |
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obs | 0.217 | 86406 | 83.5 % | - |
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all | - | 86406 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.37 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.96 Å2 | 0 Å2 | 0.64 Å2 |
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2- | - | -2.91 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.05 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.24 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.21 Å | 0.18 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.4 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 9594 | 0 | 228 | 500 | 10322 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.013 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.04 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.87 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.52 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.09 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it1.7 | 2.5 | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.279 | 1166 | 10.3 % |
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Rwork | 0.249 | 10189 | - |
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obs | - | - | 66.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | PARAM.DUBW.LIGTOPO.DUBW | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.8 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.04 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.279 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.249 |
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