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- PDB-1f15: CUCUMBER MOSAIC VIRUS (STRAIN FNY) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f15
タイトルCUCUMBER MOSAIC VIRUS (STRAIN FNY)
要素COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / beta barrel / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Cucumovirus coat protein, subunit A / Cucumovirus coat protein / Cucumovirus coat protein, subunit A superfamily / Cucumovirus coat protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cucumber mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Smith, T.J. / Chase, E. / Schmidt, T. / Perry, K.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2000
タイトル: The structure of cucumber mosaic virus and comparison to cowpea chlorotic mottle virus.
著者: Smith, T.J. / Chase, E. / Schmidt, T. / Perry, K.L.
履歴
登録2000年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5303
ポリマ－72,5303
非ポリマー00
水00
1
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,351,791180
ポリマ－4,351,791180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 363 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,64915
ポリマ－362,64915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 435 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,17918
ポリマ－435,17918
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 363 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,64915
ポリマ－362,64915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)336, 336, 336
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質 COAT PROTEIN


分子量: 24176.617 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cucumber mosaic virus (strain FNY) (ウイルス)
属: Cucumovirus / 生物種: Cucumber mosaic virus / 株: FNY / 参照: UniProt: P69466

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Sodium formate, sodium acetate, PEG 8000, cyclohexyl-pentyl-D-maltoside, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 Msodium formate1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
30.05-0.125 %PEG80001reservoir
41 Msodium formate1drop
50.05 Msodium acetate1drop
60.025-0.0625 %PEG80001drop
74 mMTris1drop
80.8 mg/mlprotein1drop
92.4 mMCYMAL-51drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.131 / % possible all: 18.6
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 57 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 18.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RAVEモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化解像度: 3.2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.246 288647
all-288647
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4200 0 0 0 4200
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.246
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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