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万見
- PDB-1f0q: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA SUBUNIT OF PROTEIN KINASE CK2 IN C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f0q
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA SUBUNIT OF PROTEIN KINASE CK2 IN COMPLEX WITH THE NUCLEOTIDE COMPETITIVE INHIBITOR EMODIN
要素PROTEIN KINASE CK2, ALPHA SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / protein kinase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / protein kinase CK2 complex / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding ...regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / protein kinase CK2 complex / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Battistutta, R. / Sarno, S. / De Moliner, E. / Papinutto, E. / Zanotti, G. / Pinna, L.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The replacement of ATP by the competitive inhibitor emodin induces conformational modifications in the catalytic site of protein kinase CK2.
著者: Battistutta, R. / Sarno, S. / De Moliner, E. / Papinutto, E. / Zanotti, G. / Pinna, L.A.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of the Catalitic Subunit of Protein Kinase CK2 from Zea mays at 2.1 A Resolution
著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Pinna, L.A. / Issinger, O.G. / Schomburg, D.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: GTP Plus Water Mimic ATP in the Active Site of Protein Kinase CK2
著者: Niefind, K. / Putter, M. / Guerra, B. / Issinger, O.G. / Schomburg, D.
履歴
登録2000年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE CK2, ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5612
ポリマ－39,2911
非ポリマー2701
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.084, 52.080, 44.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE CK2, ALPHA SUBUNIT / CK II


分子量: 39291.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28523, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-EMO / 3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / EMODIN / エモジン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5
詳細: Guerra, B., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 54, 143.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13 mg/mlprotein1drop
2167 mM1dropNaCl
38.3 mMTris-HCl1drop
42 mM2-mercaptoethanol1drop
52 mMATP1drop
60.5 mM1dropMgCl2
725 %PEG40001reservoir
8200 mMsodium acetate1reservoir
9100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→25.7 Å / Num. all: 8792 / Num. obs: 8792 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 51.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.63→2.77 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / % possible all: 83.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.6 % / Num. unique obs: 1186 / Mean I/σ(I) obs: 4.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.63→24.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000812.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 932 10.7 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 8751 89 %-
all-8792 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.8316 Å2 / ksol: 0.343965 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.99 Å20 Å2-8.08 Å2
2--5.65 Å20 Å2
3----1.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→24.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2746 0 20 58 2824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 148 10.9 %
Rwork0.271 1212 -
obs--84.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2EMODIN.PARAMEMODIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 50.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.357 / % reflection Rfree: 10.9 % / Rfactor Rwork: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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