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万見
- PDB-1f0c: STRUCTURE OF THE VIRAL SERPIN CRMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f0c
タイトルSTRUCTURE OF THE VIRAL SERPIN CRMA
要素(ICE INHIBITOR) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Apoptosis / caspase inhibitor / protease inhibitor / serpin
機能・相同性
機能・相同性情報


Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein sequestering activity / Regulation of TNFR1 signaling / serine-type endopeptidase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / host cell cytoplasm / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Serine proteinase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Cowpox virus (牛痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Renatus, M. / Zhou, Q. / Stennicke, H.R. / Snipas, S.J. / Turk, D. / Bankston, L.A. / Liddington, R.C. / Salvesen, G.S.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the apoptotic suppressor CrmA in its cleaved form.
著者: Renatus, M. / Zhou, Q. / Stennicke, H.R. / Snipas, S.J. / Turk, D. / Bankston, L.A. / Liddington, R.C. / Salvesen, G.S.
履歴
登録2000年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ICE INHIBITOR
B: ICE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2823
ポリマ－38,1282
非ポリマー1541
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.203, 92.455, 100.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ICE INHIBITOR / CYTOKINE RESPONSE MODIFIER PROTEIN / CRMA


分子量: 34021.449 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / プラスミド: PET23D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
キーワード: PROTEIN HAS BEEN CLEAVED WITH SUBTILISIN CARLSBERG
参照: UniProt: P07385
#2: タンパク質・ペプチド ICE INHIBITOR / CYTOKINE RESPONSE MODIFIER PROTEIN / CRMA


分子量: 4106.662 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 306-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / プラスミド: PET23D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
キーワード: PROTEIN HAS BEEN CLEAVED WITH SUBTILISIN CARLSBERG
参照: UniProt: P07385
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Na-Acetate, 15% PEG 4000, 0.1 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17-10 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1drop
320 %PEG40001drop
40.1 Msodium acetate1reservoir
515 %PEG40001reservoir
60.1 M1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.15
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→35 Å / Num. all: 75617 / Num. obs: 21897 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2.26→2.31 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 75617
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MADNESSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.26→500 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.272 2100 RANDOM
Rwork0.228 --
all-22143 -
obs-21293 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 8 167 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.2277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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