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万見
- PDB-1f06: THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX OF CORYNEBACTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f06
タイトルTHREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX OF CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM DIAMINOPIMELATE DEHYDROGENASE NADPH-L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELATE
要素MESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enzyme-NADPH-inhibitor ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELIC ACID / Chem-NDP / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cirilli, M. / Scapin, G. / Sutherland, A. / Caplan, J.F. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: The three-dimensional structure of the ternary complex of Corynebacterium glutamicum diaminopimelate dehydrogenase-NADPH-L-2-amino-6-methylene-pimelate.
著者: Cirilli, M. / Scapin, G. / Sutherland, A. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2000年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASE
B: MESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1635
ポリマ－70,4852
非ポリマー1,6783
水2,090116
1
A: MESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9882
ポリマ－35,2421
非ポリマー7451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1753
ポリマ－35,2421
非ポリマー9332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.547, 65.591, 84.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASE


分子量: 35242.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
プラスミド: PET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04964, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-2NP / L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELIC ACID / (2S)-2-アミノ-6-メチレンヘプタン二酸


分子量: 187.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 %PEG80001reservoir
2200 mMmagnesium acetate1reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoir
424 mg/mlprotein1drop
520 mMHEPES1drop
65 mMNADPH1drop
720 mML-2-amino-6-methylene-pimelate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.6 Å / Num. all: 111792 / Num. obs: 111416 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.82 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.615
反射 シェル解像度: 2.11→2.25 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / % possible all: 47.3
反射
*PLUS
Num. obs: 39441
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→48.6 Å / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.209 1027 RANDOM
Rwork0.179 --
all0.197 39428 -
obs0.185 39428 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4950 0 109 116 5175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.398
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg26.412
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.332
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 48.6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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