PDB-4wet: Crystal structure of E.Coli DsbA in complex with compound 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wet

タイトル

Crystal structure of E.Coli DsbA in complex with compound 16

要素

Thiol:disulfide interchange protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / DSBA / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Application of Fragment-Based Screening to the Design of Inhibitors of Escherichia coli DsbA.
著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / ...

履歴

登録	2014年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wet.cif.gz	173.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wet.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4weyC 4wf4C 4wf5C 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wey-d 6whd-d 5qo6-d 5qm5-d 5qly-d 5qku-d 5qnu-d 5qlo-d 5qny-d 5qlp-d 5qkx-d 5qlv-d 5qky-d 4zij-d 5qnp-d 5qm3-d 6pg2-d 5qlf-d 5qn0-d 5qkg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein

B: Thiol:disulfide interchange protein

ヘテロ分子

42.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.477, 47.118, 62.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-304- HOH
2	1	B-390- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 属: dsbA 参照: UniProt: C5WBA2, UniProt: A0A0H2UL03*PLUS, protein-disulfide reductase (glutathione)
#2: 化合物	ChemComp-WEF / N-({4-methyl-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-thiazol-5-yl}carbonyl)-L-tyrosine 分子量: 450.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇F₃N₂O₄S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100-200 mM KBr, 28-33% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月27日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→46.42 Å / Num. obs: 43616 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
Coot		モデル構築
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
SCALA		データ削減
MOSFLM		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.63→41.681 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2081	2198	5.04 %	Random selection
R_work	0.1766	-	-	-
obs	0.1782	43610	96.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→41.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2872	0	36	456	3364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	4176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.393	1084
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.6654	0.282	122	0.2283	2545	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6654-1.7042	0.2553	135	0.2077	2515	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7042-1.7468	0.2337	117	0.2032	2570	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7468-1.794	0.2315	140	0.2074	2536	X-RAY DIFFRACTION	95
1.794-1.8468	0.2631	160	0.213	2528	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8468-1.9064	0.2879	115	0.2125	2582	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9064-1.9746	0.2546	136	0.2071	2552	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9746-2.0536	0.2214	138	0.1939	2601	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0536-2.1471	0.2379	140	0.1857	2591	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1471-2.2603	0.2196	134	0.1823	2558	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2603-2.4019	0.232	157	0.1824	2586	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4019-2.5873	0.2161	133	0.1853	2624	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5873-2.8476	0.2144	143	0.1795	2613	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8476-3.2595	0.1992	132	0.1802	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2595-4.1061	0.1931	126	0.1471	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1061-41.6949	0.1536	170	0.1491	2690	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2476	0.5487	0.3364	4.7942	1.0262	2.9733	0.0212	-0.0144	0.1854	0.0805	0.0075	-0.143	-0.1833	0.1942	-0.019	0.1459	0.0523	-0.0021	0.1907	0.001	0.1567	18.7785	28.4442	-14.3143
2	2.9079	-0.4134	-0.1279	1.5183	0.4415	1.1148	-0.0316	0.015	0.0277	0.0823	0.0861	-0.1151	0.0114	0.1845	-0.0451	0.1312	0.0316	-0.0045	0.151	0.0239	0.1045	20.1418	20.3181	-16.8789
3	1.3861	2.4759	2.2717	4.4229	4.0648	3.8102	0.0735	-0.1066	-0.3256	0.7081	-0.1464	-0.1455	0.2583	0.1835	0.0553	0.2813	0.0176	-0.0376	0.1372	0.0346	0.2442	-5.7724	-3.8518	-6.15
4	3.986	0.1213	-1.3233	3.4836	-1.4501	4.1458	0.0563	0.1364	-0.1151	0.0307	-0.1276	0.1088	0.0328	-0.0631	0.0659	0.1238	0.0316	0.0071	0.0974	-0.0096	0.1135	-7.0223	13.8948	-12.5303
5	8.5732	0.5145	-5.4207	4.1485	-4.8815	8.5391	-0.0441	0.8578	-0.2893	-0.8071	0.176	0.4099	0.2972	-0.6211	-0.0931	0.2873	0.0352	-0.0943	0.2409	-0.0494	0.1584	-10.8114	6.7552	-22.1722
6	3.9504	1.35	-0.7786	7.8218	-0.36	5.0234	0.0611	-0.0398	-0.6807	0.0361	-0.1555	-0.2613	0.1679	-0.2031	0.0439	0.1248	0.0541	0.0192	0.1523	0.0223	0.2156	-11.1551	15.3898	-12.5792
7	5.1146	0.0771	0.3026	2.2416	-0.3483	2.1995	0.0139	0.1376	0.0653	0.0063	-0.0733	0.0458	0.035	-0.0256	0.0544	0.103	0.0556	0.0092	0.1091	0.0297	0.1043	-9.7889	24.8806	-19.5366
8	2.789	-0.2789	0.3159	2.3456	0.1667	3.6327	-0.0616	0.2743	0.4157	-0.0674	-0.1084	-0.0035	-0.2777	-0.0315	0.1582	0.1502	0.0564	-0.0106	0.1636	0.0631	0.2219	-10.8053	32.4708	-23.1042
9	4.5771	-3.5984	2.2034	5.3015	-2.0525	1.5013	-0.3561	-0.4522	0.0559	0.6307	0.4417	0.1518	-0.5266	-0.6778	-0.0334	0.2321	0.0844	0.0498	0.2886	-0.0174	0.131	-14.3658	24.8609	-5.3652
10	3.3841	1.0347	0.8755	5.4693	1.1314	3.8271	0.1965	0.0798	-0.5341	-0.2921	-0.1487	0.0157	0.482	0.1333	-0.0472	0.2347	0.0804	-0.0259	0.1393	0.0136	0.1895	-6.8199	3.3421	-11.851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 11 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 12 through 38 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 39 through 49 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 50 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 97 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 98 through 128 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 129 through 144 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 145 through 188 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)