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- PDB-4wf5: Crystal structure of E.Coli DsbA soaked with compound 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wf5
タイトルCrystal structure of E.Coli DsbA soaked with compound 4
要素Thiol:disulfide interchange protein
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / DSBA / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chem-WF4 / Thiol:disulfide interchange protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. ...Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Shouldice, S.R. / Vazirani, M. / Headey, S.J. / Plumb, B.R. / Martin, J.L. / Heras, B. / Simpson, J.S. / Scanlon, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (Australia)1009785 オーストラリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Application of Fragment-Based Screening to the Design of Inhibitors of Escherichia coli DsbA.
著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / ...著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / Vazirani, M. / Headey, S.J. / Plumb, B.R. / Martin, J.L. / Heras, B. / Simpson, J.S. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2014年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein
B: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1027
ポリマ－42,3102
非ポリマー7925
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.246, 63.401, 74.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-352-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein


分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 属: dsbA
参照: UniProt: C5WBA2, UniProt: A0A0H2UL03*PLUS, protein-disulfide reductase (glutathione)

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非ポリマー , 5種, 464分子

#2: 化合物 ChemComp-WF4 / 4-methyl-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-thiazole-5-carboxylic acid


分子量: 287.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8F3NO2S
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / Density meas: 53.55 Mg/m3 / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM CuCl2, 100 mM sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→37.16 Å / Num. obs: 78184 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
SCALAデータ削減
MOSFLMdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk


解像度: 1.45→34.46 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1956 3936 5.03 %
Rwork0.1602 --
obs0.162 78182 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→34.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2904 0 49 459 3412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9624258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2531137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46770.2421310.22872583X-RAY DIFFRACTION97
1.4677-1.48630.2811390.21992580X-RAY DIFFRACTION98
1.4863-1.50580.26111500.20522565X-RAY DIFFRACTION98
1.5058-1.52640.22851460.20212637X-RAY DIFFRACTION98
1.5264-1.54830.25521370.18352623X-RAY DIFFRACTION99
1.5483-1.57140.22881370.1732594X-RAY DIFFRACTION99
1.5714-1.59590.20431270.17092685X-RAY DIFFRACTION99
1.5959-1.62210.21211340.162650X-RAY DIFFRACTION100
1.6221-1.65010.20191330.1612642X-RAY DIFFRACTION100
1.6501-1.68010.20061550.15612641X-RAY DIFFRACTION100
1.6801-1.71240.18941360.15012652X-RAY DIFFRACTION100
1.7124-1.74730.22721520.15062628X-RAY DIFFRACTION100
1.7473-1.78530.19941490.1492654X-RAY DIFFRACTION100
1.7853-1.82680.19971490.1512640X-RAY DIFFRACTION100
1.8268-1.87250.22081470.16052682X-RAY DIFFRACTION100
1.8725-1.92310.23251470.16692648X-RAY DIFFRACTION100
1.9231-1.97970.19571330.15922662X-RAY DIFFRACTION100
1.9797-2.04360.16841490.15392675X-RAY DIFFRACTION100
2.0436-2.11670.1981340.15352663X-RAY DIFFRACTION100
2.1167-2.20140.18291420.1462637X-RAY DIFFRACTION100
2.2014-2.30160.20221180.15582695X-RAY DIFFRACTION100
2.3016-2.42290.20441210.15462695X-RAY DIFFRACTION100
2.4229-2.57460.2021420.1612702X-RAY DIFFRACTION100
2.5746-2.77330.21411440.15792665X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-3.05230.20781390.15822696X-RAY DIFFRACTION100
3.0523-3.49360.17111350.16242684X-RAY DIFFRACTION100
3.4936-4.40010.15171480.14622691X-RAY DIFFRACTION100
4.4001-34.470.19651620.17022677X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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