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- PDB-4wey: Crystal structure of E.Coli DsbA in complex with compound 17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wey
タイトルCrystal structure of E.Coli DsbA in complex with compound 17
要素Thiol:disulfide interchange protein
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / DSBA / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EG6 / Thiol:disulfide interchange protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. ...Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Shouldice, S.R. / Vazirani, M. / Headey, S.J. / Plumb, B.R. / Martin, J.L. / Heras, B. / Simpson, J.S. / Scanlon, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号
National Health and Medical Research Council (Australia)1009785 オーストラリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / : 2015
タイトル: Application of Fragment-Based Screening to the Design of Inhibitors of Escherichia coli DsbA.
著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / ...著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / Vazirani, M. / Headey, S.J. / Plumb, B.R. / Martin, J.L. / Heras, B. / Simpson, J.S. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2014年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein
B: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7464
ポリマ-42,3102
非ポリマー4362
9,368520
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.886, 47.168, 62.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein


分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / : dsbA
参照: UniProt: C5WBA2, UniProt: A0A0H2UL03*PLUS, protein-disulfide reductase (glutathione)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EG6 / N-({4-methyl-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-thiazol-5-yl}carbonyl)-L-serine


分子量: 374.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C15H13F3N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100-200 mM KBr, 28-33% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.1282 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→46.42 Å / Num. obs: 51902 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
SCALAデータ削減
MOSFLMdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVK
解像度: 1.55→41.422 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 2651 5.11 %Random selection
Rwork0.1667 ---
obs0.1685 51883 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2889 0 26 520 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1894186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8221108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.57820.28641500.24282539X-RAY DIFFRACTION99
1.5782-1.60860.2991390.23252557X-RAY DIFFRACTION100
1.6086-1.64140.2361230.21632584X-RAY DIFFRACTION99
1.6414-1.67710.22651330.20432593X-RAY DIFFRACTION100
1.6771-1.71610.25951330.19342562X-RAY DIFFRACTION100
1.7161-1.7590.25131610.18522563X-RAY DIFFRACTION99
1.759-1.80660.20161500.17952555X-RAY DIFFRACTION100
1.8066-1.85970.1991170.18042601X-RAY DIFFRACTION100
1.8597-1.91980.23241560.18852584X-RAY DIFFRACTION100
1.9198-1.98840.21921240.17922617X-RAY DIFFRACTION100
1.9884-2.0680.23841410.17912591X-RAY DIFFRACTION100
2.068-2.16210.2251490.16542572X-RAY DIFFRACTION100
2.1621-2.27610.20751380.16812601X-RAY DIFFRACTION100
2.2761-2.41870.19231410.16742596X-RAY DIFFRACTION100
2.4187-2.60540.20361330.16882625X-RAY DIFFRACTION100
2.6054-2.86750.21051570.17062577X-RAY DIFFRACTION99
2.8675-3.28230.20281400.16762608X-RAY DIFFRACTION100
3.2823-4.13480.17391430.14042648X-RAY DIFFRACTION100
4.1348-41.43640.16221230.14922659X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7674-0.3687-0.05422.28570.15851.6355-0.0428-0.06330.1770.19620.1393-0.1149-0.20170.1174-0.06610.23030.0387-0.01930.2107-0.03990.213714.562830.172717.493
21.226-1.1660.45262.215-0.07931.90760.0835-0.00010.22590.2737-0.0253-0.411-0.15640.1811-0.00190.20770.0381-0.00030.2457-0.00950.255820.156124.867515.0719
33.7636-0.44150.22241.72270.31370.8549-0.01660.3142-0.37150.02930.0519-0.06010.12380.09860.00020.17380.0433-0.00510.1695-0.02450.174316.85859.9628.6669
42.0726-0.9466-1.98252.72182.02433.0959-0.1722-0.40540.1380.1760.1575-0.44350.03430.3477-0.18740.19970.0829-0.09170.28-0.0380.259428.409716.3319.1719
51.64250.1004-1.17492.5857-1.36071.6079-0.0887-0.44270.33740.54770.2129-0.4162-0.22370.1314-0.01540.2960.0497-0.09370.2981-0.10730.291918.670229.579523.9194
65.2041-0.38390.36532.46560.2522.6072-0.0524-0.06920.50110.08980.1282-0.0315-0.22340.0592-0.05540.23710.00610.00850.1309-0.01690.26819.254237.957917.0425
70.9498-0.31160.19192.03810.10160.51880.07470.1083-0.0561-0.0262-0.03350.10890.0821-0.0604-0.04780.17440.03470.00270.16430.00920.134-10.90287.695118.1047
81.0961-0.6845-0.51613.2976-0.18123.23160.1158-0.116-0.3280.0906-0.3137-0.0273-0.0269-0.17340.12160.160.03440.01320.19960.02840.2517-15.20414.925318.4678
91.7854-0.34290.31071.4268-0.34331.6895-0.04340.15530.1537-0.0029-0.00840.0373-0.0959-0.00550.04410.13220.03660.00850.15610.03860.1548-13.31828.61399.8629
102.4299-1.15091.52072.1899-0.77220.9537-0.0813-0.39980.14460.58710.31590.3126-0.5821-0.3245-0.22770.27130.10030.07580.28760.02790.1851-17.92624.543725.5661
112.71740.45170.21293.48-1.04292.5924-0.0322-0.341-0.08280.3586-0.02790.03910.04520.0534-0.06670.22310.0390.02460.22980.0290.1402-11.19099.184425.414
121.97980.47881.4340.32450.3121.13830.37070.7117-0.673-0.3622-0.1099-0.74230.51110.5725-0.07560.41140.13770.00220.4262-0.00770.4967-2.0709-0.154215.6715
133.14960.299-0.09742.2722-0.76792.75420.13180.2384-0.4548-0.72260.00760.11610.59520.14620.02050.34920.0871-0.04870.1992-0.03680.221-11.9018-0.598315.0242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 128 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 144 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 145 through 161 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 162 through 188 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 49 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 50 through 65 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 66 through 128 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 129 through 144 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 145 through 161 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 162 through 170 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 171 through 188 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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