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- PDB-1ewm: THE CYSTEINE PROTEASE CRUZAIN BOUND TO WRR-112 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ewm
タイトルTHE CYSTEINE PROTEASE CRUZAIN BOUND TO WRR-112
要素CRUZAIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / cruzain / cruzipain / drug design / covalent inhibitor / cysteine protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RL2 / Cruzipain
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brinen, L.S. / Gillmor, S.A. / Fletterick, R.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Cruzain bound to WRR-112
著者: Brinen, L.S. / Gillmor, S.A. / Fletterick, R.J.
#1: ジャーナル: Enzyme-ligand Interactions, Inhibition and Specificity
年: 1998
タイトル: Chapter 3: X-ray Structures of Complexes of Cruzain with Designed Covalent Inhibitors
著者: Gillmor, S.A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Structural Determinants of Specificity in the Cysteine Protease Cruzain
著者: Gillmor, S.A. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of Cruzain: a Therapeutic Target for Chagas' Disease
著者: McGrath, M.E. / Eakin, A.E. / Engel, J.C. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2000年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRUZAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0802
ポリマ－22,7151
非ポリマー3641
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.258, 51.700, 45.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the biological assembly is the monomer found in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 CRUZAIN / cruzipain / cruzaine


分子量: 22715.133 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: CHEY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA
参照: UniProt: P25779, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-RL2 / N-[3-CARBOXY-2-HYDROXY-PROPIONYL]-L-HOMOPHENYLALANYL-AMINO-2-METHYLBUTANE / WRR-112


タイプ: peptide-like / 分子量: 364.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28N2O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細RL2 IS AN E-64 ANALOG. RL2 WAS N-(3-CARBOXYOXIRANE-2-CARBONYL)-L- HOMOPHENYLALANYL-AMINO-2- ...RL2 IS AN E-64 ANALOG. RL2 WAS N-(3-CARBOXYOXIRANE-2-CARBONYL)-L- HOMOPHENYLALANYL-AMINO-2-METHYLBUTANE BEFORE REACTION WITH THE PROTEASE. DURING REACTION WITH THE PROTEASE, THE EPOXIDE RING OPENS TO FORM N-[3-CARBOXY-2-HYDROXY- PROPIONYL]-L-HOMOPHENYLALANYL-AMINO-2-METHYLBUTANE. THE SG OF CYS 25 IS THEN LINKED TO THE C2 OF RL2 280 AFTER REACTION.
配列の詳細THERE IS A STOP CODON AFTER RESIDUE 212.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.9M NaCitrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 11831 / Num. obs: 11831 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.75 % / Biso Wilson estimate: 5.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Num. unique all: 1139 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化解像度: 2→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: toph19 and param19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 570 4.8 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.18 11819 --
obs0.173 11819 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 26 57 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.94
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 82 4.4 %
Rwork0.209 1790 -
obs--92.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19SG.PROTOHP19SG2.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3INHIB112.TPX
X-RAY DIFFRACTION4EPOX.TPX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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