PDB-1evm: NMR OBSERVATION OF A-TETRAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1evm

タイトル

NMR OBSERVATION OF A-TETRAD

要素

DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*T)-3')

キーワード

DNA / A-tetrad / G-Quadruplex / Human telomere

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Restrained energy minimizatiom, simulated annealing-restrained molecular dynamics, Iterative relaxation matrix refinement

データ登録者

Patel, P.K. / Koti, A.S.R. / Hosur, R.V.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: NMR studies on truncated sequences of human telomeric DNA: observation of a novel A-tetrad.
著者: Patel, P.K. / Koti, A.S. / Hosur, R.V.

履歴

登録	2000年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1evm.cif.gz	107.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1evm.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1evm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1evm_validation.pdf.gz	328.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1evm_full_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示
XML形式データ	1evm_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	1evm_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1evm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1evm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1evnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1evn-d 2lhu-d 4wbu-1 6khz-3 1s9l-d 6m2p-2 1bcb-d 1dur-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

M: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*T)-3')

N: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*T)-3')

O: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*T)-3')

P: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*T)-3')

6.24 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	8 / 8	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(APGPGPGPT)-3') 分子量: 1560.060 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成詳細: PARALLEL STRANDED DNA QUADRUPLEX STRUCTURE INCORPORATING A-TETRAD

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	2D NOESY
2	3	2	2D TOCSY
2	4	2	E-COSY

NMR実験の詳細

Text: temperature dependance 1D, pH dependance 1D and salt dependance 1D. Temperature varied from 0 to 70 C

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM potassium phosphate, 0.2 mM EDTA, 2-100 mM KCl, pH 7.3	90% H2O and 10% D2O
2	2mM potassium phosphate, 0.2 mM EDTA, 2-100 mM KCl, pH 7.3	D2O

試料状態

pH: 7.3 / 圧: 1 atm / Temperature units: K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	Varian	collection
Felix	230 and 97	BIOSYM	データ解析
XwinNMR	1.3	Bruker	collection
Discover	3.1	BIOSYM	構造決定
IRMA	2.3	BIOSYM	iterative matrix relaxation
Discover	3.1	BIOSYM	精密化

精密化

手法: Restrained energy minimizatiom, simulated annealing-restrained molecular dynamics, Iterative relaxation matrix refinement
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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