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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eua | |||||||||
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タイトル | SCHIFF BASE INTERMEDIATE IN KDPG ALDOLASE FROM ESCHERICHIA COLI | |||||||||
要素 | KDPG ALDOLASE2-Dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / BETA BARREL (Βバレル) / TRIMER / CARBINOLAMINE (ヘミアミナール) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / oxo-acid-lyase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase activity / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 代謝 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Allard, J. / Grochulski, P. / Sygusch, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Covalent intermediate trapped in 2-keto-3-deoxy-6- phosphogluconate (KDPG) aldolase structure at 1.95-A resolution. 著者: Allard, J. / Grochulski, P. / Sygusch, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eua.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eua.ent.gz | 111.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eua.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/1eua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/1eua | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22304.951 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A955, UniProt: A0A140NB38*PLUS, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 190 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→99 Å / Num. all: 45706 / Num. obs: 44409 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Limit h max: 27 / Limit h min: 0 / Limit k max: 43 / Limit k min: 0 / Limit l max: 68 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 601772.91 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 30 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.94 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→50.37 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 51.5349 Å2 / ksol: 0.362848 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.92 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50.37 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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