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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1esz | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE PERIPLASMIC FERRIC SIDEROPHORE BINDING PROTEIN FHUD COMPLEXED WITH COPROGEN | ||||||
![]() | FERRICHROME-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / FhuD / iron transport / siderophore binding protein / periplasmic ligand binding protein / ABC transport protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() iron ion import across plasma membrane / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clarke, T.E. / Braun, V. / Winkelmann, G. / Tari, L.W. / Vogel, H.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystallographic structures of the Escherichia coli periplasmic protein FhuD bound to hydroxamate-type siderophores and the antibiotic albomycin. 著者: Clarke, T.E. / Braun, V. / Winkelmann, G. / Tari, L.W. / Vogel, H.J. #1: ![]() タイトル: The Structure of the Ferric Siderophore Binding Protein Fhud Complexed with Gallichrome 著者: Clarke, T.E. / Ku, S.-Y. / Dougan, D. / Vogel, H.J. / Tari, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29694.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CPO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Na/K phosphate, HEPES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 26445 / Num. obs: 25292 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 90.1 % / Biso Wilson estimate: 31.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 35.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→30 Å / 冗長度: 90.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / % possible all: 95.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→30 Å / σ(F): 1 / σ(I): 2 詳細: Average B factors as reported by the author- Ligand: 31.90 Waters: 35.76
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. reflection Rfree: 1165 / Rfactor obs: 0.219 / Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.219 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |