[日本語] English
万見
- PDB-1esg: RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI BOUND TO A NON-SPECIFIC DNA. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1esg
タイトルRESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI BOUND TO A NON-SPECIFIC DNA.
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*A)-3')
  • TYPE II RESTRICTION ENZYME BAMHI
キーワードHYDROLASE/DNA / Non-specific DNA-protein complex. / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, BamHI / Restriction endonuclease BamHI / Restriction endonuclease, type II, BamHI/BglIII/BstY / Restriction Endonuclease - #20 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Type II restriction enzyme BamHI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Viadiu, H. / Aggarwal, A.K.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Structure of BamHI bound to nonspecific DNA: a model for DNA sliding.
著者: Viadiu, H. / Aggarwal, A.K.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 2000
タイトル: A step towards understanding protein-DNA specificity: crystallization of the restriction endonuclease BamHI with a non-specific DNA
著者: Viadiu, H. / Kucera, R. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2000年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*A)-3')
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME BAMHI
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME BAMHI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0574
ポリマ－54,0574
非ポリマー00
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.8, 91.1, 66.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細A protein dimer with a double stranded DNA.

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*A)-3')


分子量: 2441.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Phosphoramite synthesis
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*A)-3')


分子量: 2410.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Phosphoramite synthesis
#3: タンパク質 TYPE II RESTRICTION ENZYME BAMHI / E.C.3.1.21.4 / ENDONUCLEASE BAMHI / R.BAMHI / TYPE II SITE-SPECIFIC DEOXYRIBONUCLEASE


分子量: 24602.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23940, type II site-specific deoxyribonuclease
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 30% MPD, 10 mM sodium acetate (pH 4.8), 5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2CaCl211
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式
116-20 %MPD1
25 mM1CaCl2
310 mMsodium acetate1
41

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
31101
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンCHESS A120.91
シンクロトロンCHESS A130.91
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS1IMAGE PLATE1998年7月15日
MACSCIENCE2CCD1998年8月15日
MACSCIENCE3CCD1998年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.911
反射解像度: 1.9→10 Å / Num. all: 53008 / Num. obs: 53008 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Num. unique all: 5404 / % possible all: 85.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: protein: Engh & Huber, DNA: Parkinson et al.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2302 2574 5 %Random
Rwork0.1907 ---
all-55112 --
obs-51166 92.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3414 322 0 572 4308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34.1 Å2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る