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- PDB-1esd: THE MOLECULAR MECHANISM OF ENANTIORECOGNITION BY ESTERASES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1esd
タイトルTHE MOLECULAR MECHANISM OF ENANTIORECOGNITION BY ESTERASES
要素ESTERASE
キーワードHYDROLASE (SERINE ESTERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / lipid metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Streptomyces scabies esterase-like / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP / Esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces scabiei (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wei, Y. / Schottel, J.L. / Derewenda, U. / Swenson, L. / Patkar, S. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: A novel variant of the catalytic triad in the Streptomyces scabies esterase.
著者: Wei, Y. / Schottel, J.L. / Derewenda, U. / Swenson, L. / Patkar, S. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録1994年10月7日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0832
ポリマ－33,0041
非ポリマー791
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.133, 48.596, 70.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

21A-536-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ESTERASE


分子量: 33003.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces scabiei (バクテリア) / 参照: UniProt: P22266
#2: 化合物 ChemComp-VXA / METHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP


分子量: 79.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O2P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ONE METHYL PHOSPHONATE IS COVALENTLY BONDED TO THE SER 14 OF THE ENZYME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Green, R., (1992) J. Mol. Biol., 227, 569.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
245 %satammonium sulfate1drop
3100 mMpotassium phosphate1drop
445 %satammonium sulfate1reservoir
5100 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 14801 / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→7.5 Å / σ(F): 0
詳細: PHASES WERE CALCULATED FROM THE NATIVE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY THE DIFFERENCE FOURIER METHOD USING THE PHASES OF NATIVE MODEL.
Rfactor反射数
obs0.18 14221
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 4 185 2485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0650
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0860
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.8381
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.3741.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.1871.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.4642
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1130.1
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2920.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor35
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.9715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor24.2220
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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