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- PDB-1eqw: CRYSTAL STRUCTURE OF SALMONELLA TYPHIMURIUM CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eqw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SALMONELLA TYPHIMURIUM CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
要素CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / superoxide dismutase / Greek key b-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / periplasmic space / copper ion binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn] 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pesce, A. / Battistoni, A. / Stroppolo, M.E. / Polizio, F. / Nardini, M. / Kroll, J.S. / Langford, P.R. / O'Neill, P. / Sette, M. / Desideri, A. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Functional and crystallographic characterization of Salmonella typhimurium Cu,Zn superoxide dismutase coded by the sodCI virulence gene.
著者: Pesce, A. / Battistoni, A. / Stroppolo, M.E. / Polizio, F. / Nardini, M. / Kroll, J.S. / Langford, P.R. / O'Neill, P. / Sette, M. / Desideri, A. / Bolognesi, M.
履歴
登録2000年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
B: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
C: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
D: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,46612
ポリマ－64,9504
非ポリマー5168
水3,207178
1
A: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
C: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7336
ポリマ－32,4752
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
2
B: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
D: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7336
ポリマ－32,4752
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.140, 40.659, 114.254
Angle α, β, γ (deg.)90, 107.73, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE


分子量: 16237.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53636, UniProt: P0CW86*PLUS, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 8000, sodium chloride, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 %(w/v)PEG80001reservoir
3100 mM1reservoirNaCl
450 mMsodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→22.6 Å / Num. all: 27119 / Num. obs: 27119 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Num. unique all: 1302
反射
*PLUS
Num. measured all: 255605
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.3→22.6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2712 -random
Rwork0.226 ---
all0.226 27119 --
obs0.226 27119 96.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→22.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4445 0 8 178 4631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 22.6 Å / Num. reflection obs: 24407 / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 43 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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