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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1epx | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ALDOLASE FROM L. MEXICANA | ||||||
![]() | FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chudzik, D.M. / Michels, P.A. / de Walque, S. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of type 2 peroxisomal targeting signals in two trypanosomatid aldolases. 著者: Chudzik, D.M. / Michels, P.A. / de Walque, S. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40723.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() プラスミド: PET3A / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 % | |||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 13% mmePEG 5000, 50 mM sodium phosphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 139248 / Num. obs: 515238 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 20 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18.53 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Num. unique all: 45455 / % possible all: 55 |
反射 | *PLUS Num. obs: 139238 / Num. measured all: 515238 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: T. Brucei Aldolase 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 10000000 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT ideal values
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Babinet Method / Bsol: 228.441 Å2 / ksol: 0.80209 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Weight Biso : 2 / Weight position: 300 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: water.param | |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |