[日本語] English
万見
- PDB-1emr: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR (LIF) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1emr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR (LIF)
要素LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR
キーワードGENE REGULATION / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein ...leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / trophoblast giant cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of hormone secretion / lung vasculature development / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lung alveolus development / regulation of cell differentiation / Interleukin-10 signaling / somatic stem cell population maintenance / macrophage differentiation / decidualization / blood vessel remodeling / neuron development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / embryo implantation / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / cell morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / gene expression / fibroblast proliferation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / immune response / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukemia inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Heath, J.K. / Hawkins, N. / Samal, B. / Jones, E.Y. / Betzel, C.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Species Variation in Receptor Binding Site Revealed by the Medium Resolution X-ray Structure of Human Leukemia Inhibitory Factor
著者: Robinson, R.C. / Heath, J.K. / Hawkins, N. / Samal, B. / Jones, E.Y. / Betzel, C.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Leukemia Inhibitory Factor
著者: Betzel, C. / Visanji, M. / Dauter, Z. / Fourme, R. / Weber, W. / Marnitz, U. / Boone, T. / Pope, J. / Miller, J. / Hawkins, N. / Samal, B.
履歴
登録2000年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5151
ポリマ－17,5151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.5, 45.3, 77.7
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 112.3, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR / LIF


分子量: 17515.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15018

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM sodium acetate, 100 mM cacodylate buffer, 30% w/v PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 2728 / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.035

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数
Rfree0.293 -
Rwork0.191 -
all-2728
obs-2728
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1520 0 0 0 1520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る