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- PDB-1emc: GREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA, MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1emc
タイトルGREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA, MUTANT
要素GREEN FLUORESCENT PROTEIN
キーワードLUMINESCENCE / FLUORESCENT PROTEIN / BETA-BARREL / BIOLUMINESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Palm, G. / Zdanov, A. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The structural basis for spectral variations in green fluorescent protein.
著者: Palm, G.J. / Zdanov, A. / Gaitanaris, G.A. / Stauber, R. / Pavlakis, G.N. / Wlodawer, A.
履歴
登録1997年3月31日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年7月16日Group: Structure summary
改定 1.42015年1月21日Group: Structure summary
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7654
ポリマ－107,7654
非ポリマー00
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.000, 52.000, 103.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.135, 0.9908, -0.0056), (0.9905, -0.1348, 0.0252), (0.0242, -0.0089, -0.9997)-17.5576, -31.6102, -7.473
2given(0.9996, 0.011, 0.0246), (-0.0111, 0.9999, 0.0055), (-0.0245, -0.0058, 0.9997)8.8193, 4.4932, -50.5404
3given(0.1316, 0.9913, 0.0013), (0.9913, -0.1316, 0.0048), (0.0049, 0.0007, -1)-11.738, -22.8007, 43.9227

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要素

#1: タンパク質
GREEN FLUORESCENT PROTEIN / GFP


分子量: 26941.283 Da / 分子数: 4 / 変異: INS(A1[B]), F64L, I167T, K238N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 遺伝子: GFP / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / プラスミド: PFRED11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): SG11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細GYS: [(4Z)-2-[(1R)-1-AMINO-2-HYDROXYETHYL]-4-(4-HYDROXYBENZYLIDENE)-5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-1- ...GYS: [(4Z)-2-[(1R)-1-AMINO-2-HYDROXYETHYL]-4-(4-HYDROXYBENZYLIDENE)-5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-1-YL]ACETIC ACID. THE CHROMOPHORE IS PART OF THE PEPTIDE CHAIN BETWEEN RESIDUES 64 AND 68.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP METHOD. PROTEIN SOLUTION: 14 MG/ML IN 20 MM KPO4, PH 7.0 WELL SOLUTION: 60% MPD, 50MM TRISCL, PH 8.0 PROTEIN:WELL 1:1, vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 7.0-8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein solution is mixed in a 1:1 ratio with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
220 mM1dropKPO4
360 %MPD1reservoir
450 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月12日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: NI / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 31013 / % possible obs: 78.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 56.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56.9 % / Rmerge(I) obs: 0.253

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMA

1ema


解像度: 2.3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
詳細: PARAMETERS FOR THE CHROMOPHORE WERE ESTIMATED ACCORDING TO A MODEL COMPOUND (B.TINANT ET AL., CRYST. STRUCT. COMM., 1980, 9, 671-674). ATOMS CA, CB, OG1, AND CG2 OF THR ? 203 ? WERE REFINED ...詳細: PARAMETERS FOR THE CHROMOPHORE WERE ESTIMATED ACCORDING TO A MODEL COMPOUND (B.TINANT ET AL., CRYST. STRUCT. COMM., 1980, 9, 671-674). ATOMS CA, CB, OG1, AND CG2 OF THR ? 203 ? WERE REFINED IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2211 7 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 31013 72.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7180 0 0 158 7338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.984
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.53
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.67
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.611.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.762.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight Biso
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION3.570.10692
22X-RAY DIFFRACTION5.310.24724
33X-RAY DIFFRACTION4.560.31186
44X-RAY DIFFRACTION4.530.38996
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 167 3.14 %
Rwork0.27 2319 -
obs--46.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PAR_CSY.PROTOP_CSY.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.53
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.67
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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