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- PDB-1em8: Crystal structure of chi and psi subunit heterodimer from DNA POL III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1em8
タイトルCrystal structure of chi and psi subunit heterodimer from DNA POL III
要素
  • DNA POLYMERASE III CHI SUBUNIT
  • DNA POLYMERASE III PSI SUBUNIT
キーワードGENE REGULATION / DNA Pol III / heterodimer / clamp-loader / alpha-beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA polymerase III complex / replisome / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III subunit chi / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III subunit chi superfamily / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III, psi subunit, subgroup / DNA polymerase III, psi subunit superfamily / DNA polymerase III psi subunit / Rossmann fold ...DNA polymerase III subunit chi / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III subunit chi superfamily / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III, psi subunit, subgroup / DNA polymerase III, psi subunit superfamily / DNA polymerase III psi subunit / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit psi / DNA polymerase III subunit chi
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gulbis, J.M. / Finkelstein, J. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the chi:psi sub-assembly of the Escherichia coli DNA polymerase clamp-loader complex.
著者: Gulbis, J.M. / Kazmirski, S.L. / Finkelstein, J. / Kelman, Z. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2000年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE III CHI SUBUNIT
B: DNA POLYMERASE III PSI SUBUNIT
C: DNA POLYMERASE III CHI SUBUNIT
D: DNA POLYMERASE III PSI SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7154
ポリマ－57,7154
非ポリマー00
水4,612256
1
A: DNA POLYMERASE III CHI SUBUNIT
B: DNA POLYMERASE III PSI SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8582
ポリマ－28,8582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
2
C: DNA POLYMERASE III CHI SUBUNIT
D: DNA POLYMERASE III PSI SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8582
ポリマ－28,8582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.377, 65.719, 73.429
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 116.152, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細One biological assembly is a heterodimer constructed from chain A and chain B / One biological assembly is a heterodimer constructed from chain C and chain D

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE III CHI SUBUNIT


分子量: 16653.742 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28905, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA POLYMERASE III PSI SUBUNIT


分子量: 12203.835 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28632, DNA-directed DNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 断片: WATER / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: methylpentanediol, HEPES, PEG 4000, Glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
34 mMdithiothreitol1reservoir
40.5 mMEDTA1reservoir
5100 mM1reservoirNaCl
610 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 223463 / Num. obs: 218771 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Num. unique all: 4047 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 32326 / Num. measured all: 218771
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3101 -random
Rwork0.229 ---
all0.233 30953 --
obs0.233 27852 97.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3970 0 0 256 4226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d3.2
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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