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万見
- PDB-1em2: Star-related lipid transport domain of MLN64 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1em2
タイトルStar-related lipid transport domain of MLN64
要素MLN64 PROTEIN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering to endoplasmic reticulum / progesterone biosynthetic process / endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / organelle membrane contact site / Pregnenolone biosynthesis / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / cholesterol binding / mitochondrial transport / steroid metabolic process ...vesicle tethering to endoplasmic reticulum / progesterone biosynthetic process / endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / organelle membrane contact site / Pregnenolone biosynthesis / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / cholesterol binding / mitochondrial transport / steroid metabolic process / cholesterol metabolic process / lipid metabolic process / late endosome membrane / endosome / lysosomal membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MENTAL domain / StAR-related lipid transfer protein 3, C-terminal / Cholesterol-capturing domain / MENTAL domain profile. / Steroidogenic acute regulatory protein-like / : / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. ...MENTAL domain / StAR-related lipid transfer protein 3, C-terminal / Cholesterol-capturing domain / MENTAL domain profile. / Steroidogenic acute regulatory protein-like / : / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / StAR-related lipid transfer protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tsujishita, Y. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure and lipid transport mechanism of a StAR-related domain.
著者: Tsujishita, Y. / Hurley, J.H.
履歴
登録2000年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年11月3日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月13日Group: Advisory / Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MLN64 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2632
ポリマ－26,1131
非ポリマー1501
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.417, 83.417, 81.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-638-

HOH

21A-669-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MLN64 PROTEIN


分子量: 26113.141 Da / 分子数: 1 / 断片: STAR-RELATED DOMAIN / 変異: F388M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14849
#2: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: K/Na tartrare, lithium sulfate, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMCHES1reservoirpH9.5
2950 mMsodium potassium tartrate1reservoir
3200 mM1reservoirLiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Rmerge(I) obs: 0.065
反射
*PLUS
Num. obs: 16818 / % possible obs: 98.1 % / Num. measured all: 136560

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→25 Å / Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.207
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 0 10 165 1891
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 16818 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.264
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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