PDB-1eky: MODEL STRUCTURE FROM NON-NOE BASED NMR STRUCTURE CALCULATION

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eky

タイトル

MODEL STRUCTURE FROM NON-NOE BASED NMR STRUCTURE CALCULATION

要素

CYTOCHROME C'

キーワード

OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / four helix bundle / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter capsulatus (バクテリア)

手法

溶液NMR / in-house modification of discover code

データ登録者

Hus, J.C. / Marion, D. / Blackledge, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: De novo determination of protein structure by NMR using orientational and long-range order restraints.
著者: Hus, J.C. / Marion, D. / Blackledge, M.

履歴

登録	2000年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eky.cif.gz	632 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eky.ent.gz	478.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1eky_validation.pdf.gz	364.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1eky_full_validation.pdf.gz	585.2 KB	表示
XML形式データ	1eky_validation.xml.gz	56.3 KB	表示
CIF形式データ	1eky_validation.cif.gz	98.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1eky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1eky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nbb
類似構造データ	4qot-d 1ezy-d 5svi-d 4hrs-2 2bvu-2 2bvu-3 3iwx-d 5ffa-d 5vdf-3 3e7l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME C'

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	32 / 300	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #15	lowest energy

#1: タンパク質	CYTOCHROME C' 分子量: 13154.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: M110 / 参照: UniProt: P00147
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

-
実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

詳細	内容: 7mM Cyt c', 15N, 100mM PO4 pH6 / 溶媒系: 90% H20 10% D20
試料状態	イオン強度: 100mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Discover	modified version of discover	Hus, marion, blackledge	構造決定
Discover	modified version of discover	Hus, marion, blackledge	精密化

精密化

手法: in-house modification of discover code / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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