PDB-1eid: CRYSTAL STRUCTURE OF F120G MUTANT OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eid

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF F120G MUTANT OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE A

要素

RIBONUCLEASE A

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease / RNase A / Bovine pancreas

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Chatani, E. / Hayashi, R. / Moriyama, H. / Ueki, T.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Conformational strictness required for maximum activity and stability of bovine pancreatic ribonuclease A as revealed by crystallographic study of three Phe120 mutants at 1.4 A resolution.
著者: Chatani, E. / Hayashi, R. / Moriyama, H. / Ueki, T.

履歴

登録	2000年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eid.cif.gz	38.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eid.ent.gz	26.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1eid_validation.pdf.gz	420.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1eid_full_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示
XML形式データ	1eid_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	1eid_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eicC 1eieC 1fs3C 1dp1 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d6q-2 1787 4j66-d 2g4x-d 3srn-d 1eic-d 4j67-d 3dib-d 1c8w-d 1bel-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE A

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.733, 63.733, 63.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE A 分子量: 13618.204 Da / 分子数: 1 / 変異: F120G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.99 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, sodium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 25 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	24 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH6.0
3	30 %(v/v)saturated	ammonium sulfate	1	reservoir
4	50 %(v/v)saturated		1	reservoir		NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.708459
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.708459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→41.655 Å / Num. all: 47039 / Num. obs: 41727 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 14.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.307 / Num. unique all: 4032 / % possible all: 87.3
反射	PLUS 最低解像度: 41.7 Å / Num. measured all*: 404905

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.851	精密化
X-PLOR		位相決定

精密化

解像度: 1.4→5.99 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 118515.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	2613	10 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
all	-	26197	-	-
obs	-	26197	89.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0.18 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.02 Å	0.13 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→5.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	944	0	0	142	1086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.57
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.43	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.47	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.15	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.26	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / R_factor R_free error: 0.016 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	267	10.4 %
R_work	0.259	2309	-
obs	-	-	88.1 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.21 / R_factor R_work: 0.21

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 21.5 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	27
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	0.57
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	1.43	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	2.15	2
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	2.47	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	3.26	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.262 / % reflection R_free: 10.4 % / R_factor R_work: 0.259

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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