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- PDB-1eef: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH BOUND LIGAND PEPG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eef
タイトルHEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH BOUND LIGAND PEPG
要素PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
キーワードTOXIN / ENTEROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranose / 2-PHENETHYL-2,3-DIHYDRO-PHTHALAZINE-1,4-DIONE / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Exploration of the GM1 receptor-binding site of heat-labile enterotoxin and cholera toxin by phenyl-ring-containing galactose derivatives.
著者: Fan, E. / Merritt, E.A. / Zhang, Z. / Pickens, J.C. / Roach, C. / Ahn, M. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structural Foundation for the Design of Receptor Antagonists Targeting Escherichia Heat-Labile Enterotoxin
著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Feil, I.K. / Hol, W.G.
履歴
登録2000年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
E: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
F: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
G: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
H: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
L: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
M: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
N: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
O: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
P: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,94224
ポリマ－118,07510
非ポリマー2,86714
水19,5101083
1
D: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
E: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
F: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
G: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
H: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,47112
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,4337
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15640 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
2
L: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
M: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
N: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
O: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
P: PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,47112
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,4337
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15750 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.540, 65.020, 101.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN) / LT-I


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890
#2: 糖
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-I06 / 2-PHENETHYL-2,3-DIHYDRO-PHTHALAZINE-1,4-DIONE


分子量: 266.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1083 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12.5 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
4100 mMcacodylate1reservoir
5200 mM1reservoirMgCl2
635 %2-propanol1reservoir
3PEPG1drop0.001ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月20日 / 詳細: DOUBLY-FOCUSED MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→22 Å / Num. all: 97336 / Num. obs: 97336 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.35 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.82→1.84 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED LTB B-PENTAMER STRUCTURE

解像度: 1.8→22 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 4889 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.182 97336 --
obs0.182 96986 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5288 Å20 Å2-0.0087 Å2
2---1.218 Å20 Å2
3----2.3108 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 200 1083 9523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.568
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.64
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.64
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 177 -
Rwork0.23 3591 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM1.CHOLOCALLY MODIFIED TOPH1.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 22 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.47
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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