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- PDB-1edy: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT ALPHA 1-MACROGLOBULIN RECEPTOR BINDING DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1edy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT ALPHA 1-MACROGLOBULIN RECEPTOR BINDING DOMAIN
要素ALPHA 1-MACROGLOBULIN
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / beta sandwich / pseudo-symmetric dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


brain-derived neurotrophic factor binding / nerve growth factor binding / endopeptidase inhibitor activity / 着床 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / protein-containing complex binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 ...Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1-macroglobulin / Alpha-1-macroglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xiao, T. / DeCamp, D.L. / Sprang, S.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structure of a rat alpha 1-macroglobulin receptor-binding domain dimer.
著者: Xiao, T. / DeCamp, D.L. / Spran, S.R.
履歴
登録2000年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA 1-MACROGLOBULIN
B: ALPHA 1-MACROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7632
ポリマ－30,7632
非ポリマー00
水1,69394
1
A: ALPHA 1-MACROGLOBULIN
B: ALPHA 1-MACROGLOBULIN

A: ALPHA 1-MACROGLOBULIN
B: ALPHA 1-MACROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5264
ポリマ－61,5264
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.377, 36.151, 77.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ALPHA 1-MACROGLOBULIN


分子量: 15381.416 Da / 分子数: 2 / 断片: RECEPTOR BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: PLASMA / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63332, UniProt: Q63041*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG6000, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
122 %PEG60001reservoir
2100 mMNa-HEPES1reservoir
325 mM1reservoirCaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 48604 / Num. obs: 14814 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 40.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.28 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Num. unique all: 1121 / % possible all: 72.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.5 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→14.88 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1434 -random
Rwork0.2283 ---
all0.2269 15643 --
obs0.2269 14147 90.4 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.989 Å20 Å29.097 Å2
2--7.884 Å20 Å2
3----21.873 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2142 0 0 94 2236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006464
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27794
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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