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- PDB-1zz8: Crystal Structure of FeII HppE in Complex with Substrate Form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zz8
タイトルCrystal Structure of FeII HppE in Complex with Substrate Form 2
要素Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Substrate-Enzyme Complex / Cupin / Mononuclear Iron Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / phosphinothricin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / ferrous iron binding / protein homotetramerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / Helix-turn-helix / lambda repressor-like DNA-binding domains / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / Helix-turn-helix / lambda repressor-like DNA-binding domains / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (S)-2-HYDROXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Higgins, L.J. / Yan, F. / Liu, P. / Liu, H.W. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural insight into antibiotic fosfomycin biosynthesis by a mononuclear iron enzyme
著者: Higgins, L.J. / Yan, F. / Liu, P. / Liu, H.W. / Drennan, C.L.
履歴
登録2005年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
B: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6719
ポリマ－64,0833
非ポリマー5886
水2,630146
1
A: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
B: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子

A: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
B: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,22812
ポリマ－85,4454
非ポリマー7848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area14670 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area31320 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子

C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子

C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6719
ポリマ－64,0833
非ポリマー5886
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area14970 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area30960 Å2
手法PISA
3
C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子

C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子

C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子

C: Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,22812
ポリマ－85,4454
非ポリマー7848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)111.649, 111.649, 152.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase


分子量: 21361.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
遺伝子: fom4 / プラスミド: pET24b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q56185, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-S0H / (S)-2-HYDROXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / [(S)-2-ヒドロキシプロピル]ホスホン酸


分子量: 140.075 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O4P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1271
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 42988 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1ZZ9

1zz9


解像度: 2.3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 443915.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1852 4.4 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 41747 96.3 %-
all-42988 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.55 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.42 Å20 Å20 Å2
2---4.42 Å20 Å2
3---8.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4342 0 27 146 4515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 77 1.2 %
Rwork0.274 6450 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4S_HPP.PARAMS_HPP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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