PDB-4iiw: 2.6 Angstrom Crystal Structure of Putative yceG-like Protein lmo1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iiw

タイトル

2.6 Angstrom Crystal Structure of Putative yceG-like Protein lmo1499 from Listeria monocytogenes

要素

Lmo1499 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan lytic transglycosylase / lytic endotransglycosylase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.6 Angstrom Crystal Structure of Putative yceG-like Protein lmo1499 from Listeria monocytogenes
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iiw.cif.gz	267.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iiw.ent.gz	220 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iiw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7jnt-d 6g31-d 3pvm-1 7jov-d 3pvm-2 10742 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP05686

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lmo1499 protein

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

80.8 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
323 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_445	x-1/2,y-1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	6_555	-x+1/2,-y+1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	7_545	-y+1/2,x-1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	8_455	y-1/2,-x+1/2,z+1/2	1

2

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

B: Lmo1499 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
323 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-y+1,x,z	1
crystal symmetry operation	4_565	y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	5_554	x+1/2,y+1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	6_554	-x+1/2,-y+1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	7_554	-y+1/2,x+1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	8_554	y+1/2,-x+1/2,z-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.899, 126.899, 115.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- CL
2	1	A-403- CL
3	1	B-402- CL
4	1	B-403- CL

#1: タンパク質	Lmo1499 protein 分子量: 39943.387 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-356 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo1499 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q8Y725
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 7.1mg/mL, 0.25M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3, Screen: Trap96 (E8), 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Cacodyl. pH 6.5, 30% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 55066 / Num. obs: 55066 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 69.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2698 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 16.348 / SU ML: 0.162
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1414	5 %	RANDOM
R_work	0.17096	-	-	-
all	0.17317	26680	-	-
obs	0.17317	26680	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.203 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4836	0	46	188	5070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.304	1.99	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.794	3	8369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.575	5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.549	26.019	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.109	15	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.279	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.974	1.5	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.232	1.5	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.833	2	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.969	3	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.566	4.5	1723

LS精密化シェル

解像度: 2.601→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	100	-
R_work	0.263	1894	-
obs	-	1894	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5489	0.9672	-0.1093	3.825	-0.0949	2.8273	-0.0125	-0.2786	-0.0341	0.3604	-0.0131	0.2596	0.0527	-0.1506	0.0256	0.052	-0.0084	0.0211	0.0377	0.0222	0.0737	48.5028	53.3758	58.9082
2	2.3727	-0.1489	-0.0573	2.3559	0.5909	2.905	0.0539	0.1087	0.034	-0.1548	0.0133	-0.1469	0.0988	0.2268	-0.0672	0.1101	-0.0313	0.0698	0.0932	0.0414	0.1578	46.2263	22.7665	57.7665
3	5.2382	0.5694	0.0634	3.7501	1.6967	4.6464	0.1624	0.2497	0.14	-0.5556	-0.2103	0.4866	0.0407	-0.4168	0.0479	0.2745	0.0169	-0.0297	0.0564	0.0063	0.1624	32.8829	13.7822	42.8126
4	6.4111	-0.7811	0.0218	3.5791	1.0192	5.0039	0.2601	0.7077	0.2109	-0.806	-0.1044	0.0431	-0.2195	0.0691	-0.1557	0.3418	-0.0035	0.027	0.1077	0.0547	0.1105	39.953	14.9303	37.963
5	4.991	3.1676	-0.6256	2.0873	-1.1197	8.7309	-0.2898	2.3724	0.3033	-0.1794	1.3892	0.2171	-0.5216	-1.2147	-1.0994	1.7343	0.3662	-0.058	1.5883	0.1679	1.2193	30.4835	17.7645	23.8638
6	4.4187	-0.1716	0.0563	5.3201	0.8149	4.8043	0.0907	0.6008	0.4406	-0.6636	-0.0385	-0.2904	-0.3694	0.3023	-0.0522	0.1941	-0.0359	0.1051	0.1826	0.0829	0.1257	13.2697	11.1784	92.4022
7	3.8003	0.1125	0.6299	1.9259	-0.147	4.8278	0.0113	-0.3755	-0.1549	0.1244	0.1076	0.0139	0.72	-0.2004	-0.119	0.2038	-0.0745	0.0228	0.1343	0.0642	0.1498	42.9793	19.2031	79.3378
8	3.8424	1.1935	2.9189	2.1762	1.0414	5.1143	-0.4205	-0.5782	0.4224	0.1184	0.1216	-0.1071	-0.3219	-0.1526	0.2989	0.123	0.0678	-0.0162	0.273	-0.0682	0.262	52.6436	31.3389	90.3439
9	4.1527	0.3626	2.0406	5.7991	0.397	6.5675	0.0255	-1.0517	0.0845	0.5343	0.0569	0.0417	0.3838	-0.5352	-0.0824	0.0982	0.0444	0.0381	0.4204	0.0147	0.0789	52.4734	24.7552	98.1551
10	6.4915	-5.6942	-4.5706	15.9133	-4.0732	9.2323	-0.7325	-0.5327	-0.4269	1.6812	1.0162	1.2705	-0.0804	-0.1709	-0.2838	0.9013	-0.0087	-0.0311	1.6177	-0.175	0.7622	49.126	34.3443	111.9696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	117 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	272 - 325
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	326 - 349
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	42 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	113 - 198
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	199 - 270
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	271 - 325
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	326 - 348

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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