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- PDB-1edo: THE X-RAY STRUCTURE OF BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1edo
タイトルTHE X-RAY STRUCTURE OF BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE FROM BRASSICA NAPUS COMPLEXED WITH NADP+
要素BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / nucleotide fold / rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / chloroplast / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica napus (セイヨウアブラナ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fisher, M. / Kroon, J.T. / Martindale, W. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: The X-ray structure of Brassica napus beta-keto acyl carrier protein reductase and its implications for substrate binding and catalysis.
著者: Fisher, M. / Kroon, J.T. / Martindale, W. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization of the NADP-dependent beta-keto acyl-carrier protein reductase from Brassica napus
著者: Fisher, M. / Sedelnikova, S.E. / Martindale, W. / Simon, J.W. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B.
履歴
登録2000年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1032
ポリマ－25,3591
非ポリマー7431
水2,234124
1
A: BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4118
ポリマ－101,4384
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+2/31
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+2/31
Buried area17470 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area30410 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.280, 129.280, 92.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細The biological assembly is a tetramer formed from the monomer and generated by 222 symmetry

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要素

#1: タンパク質 BETA-KETO ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE


分子量: 25359.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica napus (セイヨウアブラナ)
遺伝子: OIL SEED RAPE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93X62
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.08 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG1500, Sodium citrate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 73 %
結晶化
*PLUS
詳細: Fisher, M., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 86.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
180 %enzyme1drop
250 mMsodium phosphate1drop
31 mMdithiothreitol1drop
45 mMNADP+1drop
58-12 %(w/v)PEG15001reservoir
6100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→47.9 Å / Num. all: 102604 / Num. obs: 102604 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 2.22→2.34 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Num. unique all: 21256 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
Num. obs: 21256 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 102604
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→10 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.235 1041 RANDOM
Rwork0.19 --
all-28417 -
obs-28417 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 48 124 1894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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