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- PDB-3a28: Crystal structure of L-2,3-butanediol dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a28
タイトルCrystal structure of L-2,3-butanediol dehydrogenase
要素L-2.3-butanediol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chiral substrate recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


(S,S)-butanediol dehydrogenase / acetoin metabolic process / (S,S)-butanediol dehydrogenase activity / diacetyl reductase [(S)-acetoin forming] / diacetyl reductase ((S)-acetoin forming) (NAD+) activity / butanediol metabolic process / acetoin catabolic process / NADH binding / NAD+ binding / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
Acetoin reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-2,3-butanediol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium saccharolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Otagiri, M. / Kurisu, G. / Ui, S. / Kusunoki, M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for chiral substrate recognition by two 2,3-butanediol dehydrogenases
著者: Otagiri, M. / Ui, S. / Takusagawa, Y. / Ohtsuki, T. / Kurisu, G. / Kusunoki, M.
履歴
登録2009年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: L-2.3-butanediol dehydrogenase
D: L-2.3-butanediol dehydrogenase
A: L-2.3-butanediol dehydrogenase
B: L-2.3-butanediol dehydrogenase
E: L-2.3-butanediol dehydrogenase
F: L-2.3-butanediol dehydrogenase
G: L-2.3-butanediol dehydrogenase
H: L-2.3-butanediol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,05928
ポリマ－217,0298
非ポリマー6,03020
水27,9951554
1
C: L-2.3-butanediol dehydrogenase
D: L-2.3-butanediol dehydrogenase
A: L-2.3-butanediol dehydrogenase
B: L-2.3-butanediol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,52914
ポリマ－108,5154
非ポリマー3,01510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18960 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area31200 Å2
手法PISA
2
E: L-2.3-butanediol dehydrogenase
F: L-2.3-butanediol dehydrogenase
G: L-2.3-butanediol dehydrogenase
H: L-2.3-butanediol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,52914
ポリマ－108,5154
非ポリマー3,01510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18960 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area31170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.8, 69.2, 127.4
Angle α, β, γ (deg.)96.1, 100.2, 109.6
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
L-2.3-butanediol dehydrogenase


分子量: 27128.635 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium saccharolyticum (バクテリア)
株: C-1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9ZNN8
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 121123 / % possible obs: 94.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1geg

1geg


解像度: 2→30 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rfree0.24 -
Rwork0.193 -
obs-121123
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15208 0 388 1554 17150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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