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万見
- PDB-5vml: Crystal Structure of Acetoacetyl-CoA Reductase from Burkholderia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vml
タイトルCrystal Structure of Acetoacetyl-CoA Reductase from Burkholderia Pseudomallei 1710b with bound NADP
要素Acetoacetyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetoacetyl-CoA reductase / : / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Acetoacetyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Acetoacetyl-CoA Reductase from Burkholderia Pseudomallei 1710b with bound NADP
著者: Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9183
ポリマ－29,0571
非ポリマー8622
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子

A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子

A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子

A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,67412
ポリマ－116,2274
非ポリマー3,4468
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area18390 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area34240 Å2
手法PISA
3
A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子

A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8376
ポリマ－58,1142
非ポリマー1,7234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20760 Å2
手法PISA
4
A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子

A: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8376
ポリマ－58,1142
非ポリマー1,7234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.310, 66.310, 115.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-624-

HOH

21A-662-

HOH

31A-675-

HOH

詳細Monomer as determined by gel filtration.

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要素

#1: タンパク質 Acetoacetyl-CoA reductase


分子量: 29056.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: phbB-1, BURPS1710b_2329 / プラスミド: BupsA.00010.e.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JRS9, acetoacetyl-CoA reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: BupsA.00010.e.A1.PS00061 at 19.3 mg/ml incubated with 4 mM NADP, mixed 1:1 with Morpheus(c8): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MOPS/ HEPES-Na, pH = 7.5, 0.03 ...詳細: BupsA.00010.e.A1.PS00061 at 19.3 mg/ml incubated with 4 mM NADP, mixed 1:1 with Morpheus(c8): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MOPS/ HEPES-Na, pH = 7.5, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate, crystals were soaked for 24 hours with 5 mM NADP in well solution, harvested directly

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月2日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28909 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 15.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22.03
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 1965 / CC1/2: 0.856 / % possible all: 93.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_2744)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EZL

3ezl


解像度: 1.7→46.888 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1709 2030 7.02 %
Rwork0.1443 --
obs0.1461 28908 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.31 Å2 / Biso mean: 19.0649 Å2 / Biso min: 7.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→46.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 56 289 2187
Biso mean--20.6 31.52 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7722735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1621210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.74250.26421350.22471759189493
1.7425-1.78960.22491490.197918732022100
1.7896-1.84230.22641380.178819092047100
1.8423-1.90170.19461460.164718762022100
1.9017-1.96970.1861430.160518652008100
1.9697-2.04860.18991430.150419212064100
2.0486-2.14180.1861380.148219272065100
2.1418-2.25470.16841300.134519182048100
2.2547-2.3960.15721650.136418962061100
2.396-2.5810.15811540.145819112065100
2.581-2.84070.18821490.150819482097100
2.8407-3.25160.17751420.140619552097100
3.2516-4.09640.12751340.118420012135100
4.0964-46.90610.15931640.135721192283100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50540.4433-0.14840.97590.03161.81950.0309-0.15970.06280.07080.0307-0.0349-0.06460.2362-0.04220.1118-0.00680.00020.1379-0.03570.08621.830315.013320.5202
20.55870.3250.02251.17370.18440.49170.0169-0.0961-0.01210.05180.0204-0.05620.0074-0.0118-0.03970.08350.00930.00270.11950.00190.0976.2916.773419.1785
31.6904-0.70790.0171.75280.65441.0693-0.0197-0.08-0.10160.1420.1274-0.10490.15120.1141-0.0690.1260.006-0.01680.11530.00660.089116.18163.4365.437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 66 )A4 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 176 )A67 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 248 )A177 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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