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- PDB-1ecr: ESCHERICHIA COLI REPLICATION TERMINATOR PROTEIN (TUS) COMPLEXED W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ecr
タイトルESCHERICHIA COLI REPLICATION TERMINATOR PROTEIN (TUS) COMPLEXED WITH DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3
  • PROTEIN (REPLICATION-TERMINATOR PROTEIN)
キーワードREPLICATION/DNA / DNA-BINDING / DNA REPLICATION / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork arrest involved in DNA replication termination / DNA replication termination / sequence-specific DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #10 / Replication Terminator Protein (Tus); Chain A, domain 1 / Replication terminator Tus, domain 1 superfamily/Replication terminator Tus / DNA replication terminus site-binding protein / Replication terminator Tus, domain 1 / Replication terminator Tus superfamily / DNA replication terminus site-binding protein (Ter protein) / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA replication terminus site-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, ANOMALOUS SCATTERING / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kamada, K. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure of a replication-terminator protein complexed with DNA.
著者: Kamada, K. / Horiuchi, T. / Ohsumi, K. / Shimamoto, N. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Escherichia Coli Replication Terminator Protein Complexed with DNA
著者: Kamada, K. / Ohsumi, K. / Horiuchi, T. / Shimamoto, N. / Morikawa, K.
履歴
登録1996年9月1日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3
A: PROTEIN (REPLICATION-TERMINATOR PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6273
ポリマ－45,6273
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.150, 68.150, 230.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3 / TER


分子量: 4856.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3 / TER


分子量: 4927.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (REPLICATION-TERMINATOR PROTEIN) / TUS


分子量: 35843.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / プラスミド: PHO100 / 遺伝子 (発現宿主): TUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P16525
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 5.3 / 詳細: pH 5.30, MICRODIALYSIS, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 400011
3WATER12
4PEG 400012
5NA CITRATE12
6NACL12
7GLYCEROL12
8SPERMINE12
9EDTA12
10DTT12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 5.3
詳細: Kamada, K., (1996) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 24, 402.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式
10.25 mMprotein1
20.35 mMDNA duplex1
350 mMNa citrate1
4100 mM1NaCl
510 %(v/v)glycerol1
62 mMspermine1
71 mMEDTA1
81 mMDTT1
910 %(w/v)PEG40001
101

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月13日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14018 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.06
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.217 / % possible all: 75.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 90.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
X-PLOR精密化
MACDENZOデータ削減
MACDENZOデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, ANOMALOUS SCATTERING
解像度: 2.7→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.314 -
Rwork0.196 -
obs0.196 12726
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2495 608 0 49 3152
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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