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- PDB-1eai: COMPLEX OF ASCARIS CHYMOTRPSIN/ELASTASE INHIBITOR WITH PORCINE EL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eai
タイトルCOMPLEX OF ASCARIS CHYMOTRPSIN/ELASTASE INHIBITOR WITH PORCINE ELASTASE
要素
  • PROTEIN (CHYMOTRYPSIN/ELASTASE ISOINHIBITOR 1)
  • PROTEIN (ELASTASE)
キーワードSERINE PROTEINASE / ELASTASE / ASCARIS SUMM / PROTEIN INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / : / Laminin / Laminin / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / : / Laminin / Laminin / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Chymotrypsin/elastase isoinhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Ascaris suum (かいちゅう)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, K. / Strynadka, N.C.J. / Bernard, V.D. / Peanasky, R.J. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: The molecular structure of the complex of Ascaris chymotrypsin/elastase inhibitor with porcine elastase.
著者: Huang, K. / Strynadka, N.C. / Bernard, V.D. / Peanasky, R.J. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 Resolution
著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radharkrishnan, R.
履歴
登録1999年3月25日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ELASTASE)
B: PROTEIN (ELASTASE)
C: PROTEIN (CHYMOTRYPSIN/ELASTASE ISOINHIBITOR 1)
D: PROTEIN (CHYMOTRYPSIN/ELASTASE ISOINHIBITOR 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0634
ポリマ－65,0634
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (ELASTASE)
D: PROTEIN (CHYMOTRYPSIN/ELASTASE ISOINHIBITOR 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5322
ポリマ－32,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA, PQS
3
A: PROTEIN (ELASTASE)
C: PROTEIN (CHYMOTRYPSIN/ELASTASE ISOINHIBITOR 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5322
ポリマ－32,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.020, 84.020, 190.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9963, 0.0813, -0.0277), (0.0816, -0.9966, 0.0113), (-0.0267, -0.0135, -0.9996)
ベクター: 2.0738, -7.0914, 160.3474)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ELASTASE)


分子量: 25929.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: タンパク質 PROTEIN (CHYMOTRYPSIN/ELASTASE ISOINHIBITOR 1)


分子量: 6602.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ascaris suum (かいちゅう) / 参照: UniProt: P07851
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
212 %PEG600011
350 mMsodium citrate11

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 29261 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / Rsym value: 0.07
反射
*PLUS
Num. measured all: 192689
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 71 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
TNT精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1INC

1inc


解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCOOREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
all0.191 29261 -
obs-29261 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4540 0 0 146 4686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.026

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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