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Yorodumi- PDB-5unb: Crystal structure of putative Putative deoxyribonuclease-2 from B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5unb | ||||||
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Title | Crystal structure of putative Putative deoxyribonuclease-2 from Burkholderia thailandensis in complex with copper | ||||||
Components | Putative deoxyribonuclease-2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Putative deoxyribonuclease-2 / inhitition / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | deoxyribonuclease II activity / Deoxyribonuclease II / Deoxyribonuclease II / Hydrolases; Acting on ester bonds / COPPER (II) ION / Putative deoxyribonuclease-2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia thailandensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Structure of acid deoxyribonuclease. Authors: Varela-Ramirez, A. / Abendroth, J. / Mejia, A.A. / Phan, I.Q. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Aguilera, R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5unb.cif.gz | 297.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5unb.ent.gz | 238.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5unb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5i3eSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39774.879 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (bacteria) Strain: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / Gene: BTH_II0389 / Plasmid: ButhA.18065.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q2T8B0, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.25 Details: JCSG+ H3 optimization screen, condition H3: 22.75% PEG 3350, 100mM BisTris pH 6.25: ButhA.18065.a.B1 at 26.5mg/ml: over night soak with 5mM CuSO4: cryo: 20% EG and 5mM CuSO4: tray 249901h3, puck dgx5-1. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→26.361 Å / Num. obs: 65444 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.411 % / Biso Wilson estimate: 18.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 20.97 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: native structure, 5i3e Resolution: 1.75→26 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 17.11
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.02 Å2 / Biso mean: 24.0287 Å2 / Biso min: 8.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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