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Yorodumi- PDB-5i3e: Crystal structure of putative Putative deoxyribonuclease-2 from B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i3e | ||||||
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Title | Crystal structure of putative Putative deoxyribonuclease-2 from Burkholderia thailandensis, E264 | ||||||
Components | Putative deoxyribonuclease-2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Putative deoxyribonuclease-2 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | deoxyribonuclease II activity / Deoxyribonuclease II / Deoxyribonuclease II / Hydrolases; Acting on ester bonds / Putative deoxyribonuclease-2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia thailandensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Structure of acid deoxyribonuclease. Authors: Varela-Ramirez, A. / Abendroth, J. / Mejia, A.A. / Phan, I.Q. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Aguilera, R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5i3e.cif.gz | 297.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5i3e.ent.gz | 240 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5i3e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39774.879 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ButhA.18065.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia thailandensis (bacteria) / Strain: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / Gene: BTH_II0389 / Plasmid: ButhA.18065.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q2T8B0, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: MCSG1 screen, b12: 100mM BisTris pH 6.5, 28% PEG MME 2000, trays set up at 26.5mg/ml, cryo: 15% EG; for phasing a crystal from 25% PEG 3350, 100mM BisTris pH 6.0 was incubated for 30s in a ...Details: MCSG1 screen, b12: 100mM BisTris pH 6.5, 28% PEG MME 2000, trays set up at 26.5mg/ml, cryo: 15% EG; for phasing a crystal from 25% PEG 3350, 100mM BisTris pH 6.0 was incubated for 30s in a buffer containing 15% EG and 750mM NaI, iodide data were collected at the in-house source; ButhA.18065.a.B1.PS18111 at 26.5 mg/ml |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 76021 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 16.74 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.65→39.443 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.14
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.43 Å2 / Biso mean: 19.2921 Å2 / Biso min: 4.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→39.443 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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