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- PDB-1eah: PV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1eah
タイトルPV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973
要素(POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO ...) x 4
キーワードVIRUS / TYPE 2 / LANSING / ANTIVIRAL / PICORNAVIRUS / MOUSE NEUROVIRULENCE / COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Chem-SC4 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lentz, K. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structure of poliovirus type 2 Lansing complexed with antiviral agent SCH48973: comparison of the structural and biological properties of three poliovirus serotypes.
著者: Lentz, K.N. / Smith, A.D. / Geisler, S.C. / Cox, S. / Buontempo, P. / Skelton, A. / DeMartino, J. / Rozhon, E. / Schwartz, J. / Girijavallabhan, V. / O'Connell, J. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structures of Poliovirus Complexes with Anti-Viral Drugs: Implications for Viral Stability and Drug Design
著者: Grant, R.A. / Hiremath, C.N. / Filman, D.J. / Syed, R. / Andries, K. / Hogle, J.M.
#2: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1992
タイトル: Three Dimensional Structure-Activity Relationships for Antiviral Agents that Interact with Picornavirus Capsids
著者: Zhang, A. / Nanni, R. / Oren, D.A. / Rozhon, E.J. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Mouse-Adapted Type 2/Type 1 Poliovirus Chimera
著者: Yeates, T.O. / Jacobson, D.H. / Martin, A. / Wychowski, C. / Girard, M. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structural Factors that Control Conformational Transitions and Serotype Specificity in Type 3 Poliovirus
著者: Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Macadam, A.J. / Minor, P.D. / Hogle, J.M.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: Three-Dimensional Structure of Poliovirus at 2.9 A Resolution
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
履歴
登録1997年7月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4916
ポリマ－96,8394
非ポリマー6522
水4,882271
1
1: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,849,478360
ポリマ－5,810,353240
非ポリマー39,125120
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 487 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,45730
ポリマ－484,19620
非ポリマー3,26010
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 585 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)584,94836
ポリマ－581,03524
非ポリマー3,91312
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.92 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,924,739180
ポリマ－2,905,177120
非ポリマー19,56360
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)345.700, 497.200, 485.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.64288003, -0.71885497, 0.26448569), (0.21383163, 0.5, 0.83921163), (-0.73551431, -0.48295691, 0.47515394)36.13781, -54.46063, 109.61977
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4generate(0.0650478, -0.37286819, -0.92560145), (-0.94930037, -0.30901699, 0.05777079), (-0.30756747, 0.87491578, -0.37406479)147.84694, 117.29335, 83.82797
5generate(0.64288003, 0.21383159, -0.73551431), (-0.71885511, 0.5, -0.482957), (0.26448569, 0.83921147, 0.47515395)69.04004, 106.1498, -15.94021
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17generate(-0.89378997, -0.37286819, -0.24921627), (-0.37286826, 0.30901699, 0.87491595), (-0.24921626, 0.87491578, -0.41522701)65.68305, -40.66108, 88.82815
18generate(-0.47102862, 0.576432, -0.66772608), (-0.81714516, 0.57643211), (0.33227391, 0.817145, 0.47102862)26.37105, 24.94311, -13.34354
19generate(0.31156659, 0.94930019, 0.04189543), (-0.94930037, 0.30901699, 0.05777079), (0.04189542, -0.05777078, 0.99745039)-95.23973, 58.60163, 5.79593
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21generate(-0.47102862, -0.576432, -0.66772608), (0.81714516, -0.57643211), (0.33227391, -0.817145, 0.47102862)135.85301, 164.98729, 141.85714
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23generate(0.80234206, 0.58669978, -0.10968365), (0.5866999, -0.80901699, -0.03570432), (-0.10968365, -0.03570431, -0.99332507)-42.39224, 176.13084, 245.52983
24generate(0.72193856, -0.23044522, 0.65245666), (0.23044526, -0.80901699, -0.54072779), (0.65245666, 0.54072769, -0.53095555)-57.3729, 237.47857, 134.62251
25generate(-0.0650478, -0.94930019, 0.30756748), (0.37286826, -0.30901699, -0.87491595), (0.92560145, 0.05777078, 0.37406479)52.78872, 230.59148, 70.54927
26generate(0.90855208, -0.21383159, -0.35889992), (0.21383163, -0.5, 0.83921163), (-0.35889992, -0.83921147, -0.40855208)63.90393, 40.50457, 250.79975
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28generate(0.47102862, -0.817145, -0.33227391), (-0.57643211, -0.81714516), (0.66772608, 0.576432, -0.47102862)117.96331, 194.22791, 123.95222
29generate(0.37247566, -0.58669978, -0.71905852), (0.23044526, 0.80901699, -0.54072779), (0.89897545, 0.03570431, 0.43654133)143.0637, 83.82165, 65.05548
30generate(0.64288003, -0.21383159, -0.73551431), (0.71885511, 0.5, 0.482957), (0.26448569, -0.83921147, 0.47515395)109.65316, -11.1846, 143.45156

-
要素

-
POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 33039.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: LANSING / 細胞株: HELA CELLS / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06210
#2: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 29980.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: LANSING / 細胞株: HELA CELLS / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06210
#3: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 26472.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: LANSING / 細胞株: HELA CELLS / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06210
#4: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 2 COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 7346.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: LANSING / 細胞株: HELA CELLS / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06210

-
非ポリマー , 3種, 273分子

#5: 化合物 ChemComp-SC4 / 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE


分子量: 423.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17Cl3O3
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 50 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.9-1.4 %PEG80001reservoir
2100-250 mM1reservoirLi2SO4
35 mg/mlvirus1drop

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 2.79 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 444639 / % possible obs: 48.9 % / Num. measured all: 1242301 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 34.9 % / Rmerge(I) obs: 0.227

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化最高解像度: 2.9 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED
Rfactor反射数%反射
Rwork0.185 --
obs0.185 402860 45.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6516 0 38 271 6825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT (THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30 PROTOMERS RELATED BY ICOSAHEDRAL SYMMETRY)
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.231 32694 -
obs--29.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2ADDITIONAL.PARADDITIONAL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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