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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e9i | ||||||
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タイトル | Enolase from E.coli | ||||||
![]() | ENOLASE | ||||||
![]() | LYASE / DEGRADOSOME | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial degradosome / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / RNA processing / glycolytic process / cytoskeleton / cell surface ...bacterial degradosome / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / RNA processing / glycolytic process / cytoskeleton / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuhnel, K. / Carpousis, A.J. / Luisi, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Escherichia Coli RNA Degradosome Component Enolase 著者: Kuhnel, K. / Luisi, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 322.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 260.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 503.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ebgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45578.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P08324, UniProt: P0A6P9*PLUS, phosphopyruvate hydratase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | INVOLVED IN THE RNA DEGRADOSOME, A MULTI-ENZYME COMPLEX IMPORTANT IN RNA PROCESSING AND MESSENGER ...INVOLVED IN THE RNA DEGRADOSOM | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M MG ACETATE, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.472 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→27.97 Å / Num. obs: 63664 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 33 |
反射 シェル | 解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 90 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90 % / Num. unique obs: 6458 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EBG 解像度: 2.48→27.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.7544 Å2 / ksol: 0.325073 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→27.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.47→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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