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- PDB-1e9i: Enolase from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e9i
タイトルEnolase from E.coli
要素ENOLASE
キーワードLYASE / DEGRADOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial degradosome / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / RNA processing / glycolytic process / cytoskeleton / magnesium ion binding ...bacterial degradosome / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / RNA processing / glycolytic process / cytoskeleton / magnesium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Kuhnel, K. / Carpousis, A.J. / Luisi, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the Escherichia Coli RNA Degradosome Component Enolase
著者: Kuhnel, K. / Luisi, B.
履歴
登録2000年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOLASE
B: ENOLASE
C: ENOLASE
D: ENOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,53210
ポリマ－182,3144
非ポリマー2186
水9,116506
1
A: ENOLASE
B: ENOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2064
ポリマ－91,1572
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: ENOLASE
D: ENOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3266
ポリマ－91,1572
非ポリマー1694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.883, 150.006, 127.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.95991, -0.06736, -0.2721), (-0.0688, -0.88439, 0.46166), (-0.27174, 0.46187, 0.8443)51.4048, -5.53899, 8.97248
2given(0.99381, 0.10356, 0.04022), (-0.09957, 0.66963, 0.73599), (0.04929, -0.73544, 0.67579)-11.8162, 42.34035, 29.33316
3given(-0.97178, -0.15224, -0.1802), (-0.14947, -0.19359, 0.96963), (-0.1825, 0.9692, 0.16537)38.67458, 40.00534, 43.63807

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要素

#1: タンパク質
ENOLASE / 2-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDRATASE / 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE HYDRO-LYASE


分子量: 45578.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 遺伝子: ENO / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08324, UniProt: P0A6P9*PLUS, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN THE RNA DEGRADOSOME, A MULTI-ENZYME COMPLEX IMPORTANT IN RNA PROCESSING AND MESSENGER ...INVOLVED IN THE RNA DEGRADOSOME, A MULTI-ENZYME COMPLEX IMPORTANT IN RNA PROCESSING AND MESSENGER RNA DEGRADATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M MG ACETATE, pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
135 mg/mlenolase1drop
210 %(w/v)PEG33501drop
3100 mMmagnesium acetate1drop
420 %PEG33501reservoir
5200 mMmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.472
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.472 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→27.97 Å / Num. obs: 63664 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 90
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 % / Num. unique obs: 6458

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EBG

1ebg


解像度: 2.48→27.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 6458 10.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 63664 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.7544 Å2 / ksol: 0.325073 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.96 Å20 Å26.63 Å2
2--19.94 Å20 Å2
3----11.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-27 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→27.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12340 0 10 506 12856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it02.5
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 466 9.4 %
Rwork0.26 4500 -
obs--72.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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