PDB-1e87: Human CD69 - trigonal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1.0E+87

タイトル

Human CD69 - trigonal form

要素

EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / HEMATOPOIETIC CELL RECEPTOR / LEUCOCYTE / NKD / KLR

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of T cell migration / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / molecular sequestering activity / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / carbohydrate binding / external side of plasma membrane / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Tormo, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the C-Type Lectin-Like Domain from the Human Hematopoietic Cell Receptor Cd69
著者: Llera, A.S. / Viedma, F. / Sanchez-Madrid, F. / Tormo, J.

履歴

登録	2000年9月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2000年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月24日	Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1e87.cif.gz	41.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1e87.ent.gz	28.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1e87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e8iSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cck-d 1e8i-d 4bmc-d 5m9n-1 1qpl-d 5ltv-7 1sl6-4 5jer-1 1a2x-d 1t2v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69

ヘテロ分子

A: EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.424, 48.424, 119.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

THE BIOLOGICALLY FUNTIONAL MOLECULE IS A DIMER WHICH CAN BE BUILT BY APPLYING THE MATRIX GIVEN IN REMARK 350

#1: タンパク質	EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69 / ACTIVATION INDUCER MOLECULE / AIM / BL-AC/P26 / C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 2 MEMBER C / EA1 / ...ACTIVATION INDUCER MOLECULE / AIM / BL-AC/P26 / C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 2 MEMBER C / EA1 / EARLY T-CELL ACTIVATION ANTIGEN P60 / GP32/28 / LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN LEU-23 / MLR-3 / CD69 / LEU-23 分子量: 13806.557 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TYPE LECTIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 82-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: HEMATOPOIETIC CELL / 細胞内の位置: CELL SURFACE / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07108
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	SIGNAL TRANSMITTING RECEPTOR IN LYMPHOCYTES, NATURAL KILLER (NK) CELLS, AND PLATELETS. INVOLVED IN ...SIGNAL TRANSMITTING RECEPTOR IN LYMPHOCYTES, NATURAL KILLER (NK) CELLS, AND PLATELETS. INVOLVED IN LYMPHOCYTE PROLIFERATION
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %

結晶化

pH: 5.2 / 詳細: pH 5.20

結晶化

*PLUS

pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	5 mg/ml	protein	1	drop
2	15 mM	HEPES	1	drop
3	50 mM		1	drop	NaCl
4	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir
5	150 mM	zinc sulfate	1	reservoir		or sodium sulfate
6	15 %	PEG6000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 26542 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.5 Å² / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 33.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 15.6 / R_sym value: 0.106 / % possible all: 100
反射	PLUS Num. measured all: 151066 / R_merge(I) obs*: 0.062
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs*: 0.106

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8I

1e8i

解像度: 1.5→19.79 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	1961	7.4 %	RANDOM
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.229	26522	98.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 35.6827 Å² / k_sol: 0.386021 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.36 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.11 Å	0.06 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	963	0	7	108	1078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.7
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.94
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.3	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.1	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.17	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.33	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / R_factor R_free error: 0.015 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	335	7.7 %
R_work	0.235	4015	-
obs	-	-	99.1 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	ION.PARAM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	GOL.PAR	GOL.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 24561 / % reflection R_free: 7.3 % / R_factor R_free: 0.244

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.57
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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