ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング CNS1 位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1E8I解像度 : 1.5→19.79 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.245 1961 7.4 % RANDOM Rwork 0.229 - - - obs 0.229 26522 98.6 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 35.6827 Å2 / ksol : 0.386021 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 20.3 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.29 Å2 0.36 Å2 0 Å2 2- - 0.29 Å2 0 Å2 3- - - -0.58 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.21 Å 0.19 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.11 Å 0.06 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.5→19.79 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 963 0 7 108 1078
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.009 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.6 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.7 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.94 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.3 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it2.1 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.17 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it3.33 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error : 0.015 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.281 335 7.7 % Rwork 0.235 4015 - obs - - 99.1 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 GOL.PARGOL.TOP
ソフトウェア *PLUS
名称 : CNS / バージョン : 1 / 分類 : refinement精密化 *PLUS
最低解像度 : 20 Å / Num. reflection obs : 24561 / % reflection Rfree : 7.3 % / Rfactor Rfree : 0.244 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.57 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg22.7 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.94