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万見
- PDB-1e7k: Crystal structure of the spliceosomal 15.5kD protein bound to a U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e7k
タイトルCrystal structure of the spliceosomal 15.5kD protein bound to a U4 snRNA fragment
要素
  • 15.5 KD RNA BINDING PROTEIN
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*UP*UP* AP*UP*CP*CP*GP*AP*GP*G*C(-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / SPLICING / RNA RECOGNITION MOTIF / U4 SNRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


U4atac snRNP / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4 snRNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / U3 snoRNA binding / rRNA modification in the nucleus and cytosol / precatalytic spliceosome ...U4atac snRNP / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4 snRNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / U3 snoRNA binding / rRNA modification in the nucleus and cytosol / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / ATPase binding / ribosomal small subunit biogenesis / nucleolus / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like ...H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / NHP2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vidovic, I. / Nottrott, S. / Harthmuth, K. / Luhrmann, R. / Ficner, R.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Spliceosomal 15.5Kd Protein Bound to a U4 Snrna Fragment
著者: Vidovic, I. / Nottrott, S. / Hartmuth, K. / Luhrmann, R. / Ficner, R.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Functional Interaction of a Novel 15.5Kd [U4/U6.U5] Tri-Snrnp Protein with the 5' Stem-Loop of U4 Snrna
著者: Nottrott, S. / Hartmuth, K. / Fabrizio, P. / Urlaub, H. / Vidovic, I. / Ficner, R. / Luhrmann, R.
履歴
登録2000年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 15.5 KD RNA BINDING PROTEIN
B: 15.5 KD RNA BINDING PROTEIN
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*UP*UP* AP*UP*CP*CP*GP*AP*GP*G*C(-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*UP*UP* AP*UP*CP*CP*GP*AP*GP*G*C(-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5324
ポリマ－42,5324
非ポリマー00
水00
1
A: 15.5 KD RNA BINDING PROTEIN
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*UP*UP* AP*UP*CP*CP*GP*AP*GP*G*C(-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2662
ポリマ－21,2662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint2.1 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PQS
2
B: 15.5 KD RNA BINDING PROTEIN
D: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*UP*UP* AP*UP*CP*CP*GP*AP*GP*G*C(-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2662
ポリマ－21,2662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint2.1 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.756, 55.287, 146.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.057157, 0.330472, -0.942084), (0.008778, 0.943423, 0.331474), (0.998327, -0.027216, 0.051022)
ベクター: 95.2612, -21.8777, 15.7786)

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要素

#1: タンパク質 15.5 KD RNA BINDING PROTEIN / NHP2/RS6 FAMILY PROTEIN YEL026W HOMOLOG / HIGH MOBILITY GROUP-LIKE NUCLEAR PROTEIN 2 HOMOLOG / OTK27


分子量: 14191.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P55769
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*UP*UP* AP*UP*CP*CP*GP*AP*GP*G*C(-3') / U4 SNRNA


分子量: 7074.250 Da / 分子数: 2 / Fragment: 26-47 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
配列の詳細THE SWISSPROT ENTRY P55769 IS IDENTICAL TO THE SWISSPROT ENTRY AAF06959 REPORTED IN, S.NOTTROTT,K. ...THE SWISSPROT ENTRY P55769 IS IDENTICAL TO THE SWISSPROT ENTRY AAF06959 REPORTED IN, S.NOTTROTT,K.HARTMUTH,P.FABRIZIO,H.URLAUB,I.VIDOVIC, R.FICNER,R.LUHRMANN FUNCTIONAL INTERACTION OF A NOVEL 15.5KD [U4/U6.U5] TRI-SNRNP PROTEIN WITH THE 5' STEM-LOOP OF U4 SNRNA EMBO J. 18, 6119-6133 (1999).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: pH 7.60
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES-NaOH1reservoir
316.5 %PEG20001reservoir
430 mM1reservoirMgCl2
55 mMdithiothreitol1reservoir
60.04 %(w/v)sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9184, 0.9790, 0.9791, 0.9919
検出器日付: 1999年3月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.9791
30.97911
40.99191
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 8125 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.055
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rsym value: 0.118 / % possible all: 89.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 28438 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 --RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 7948 92.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.192 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 732 0 0 2655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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