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万見
- PDB-1e5u: NMR Representative Structure of Intimin-190 (Int190) from Enterop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5u
タイトルNMR Representative Structure of Intimin-190 (Int190) from Enteropathogenic E. coli
要素INTIMIN
キーワードINTIMIN / ESCHERICHIA COLI / CELL ADHESION / OUTER MEMBRANE PROTEIN / NMR SPECTROSCOPY
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Immunoglobulin-like - #1080 / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) ...Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Immunoglobulin-like - #1080 / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / HYBRID TORSION ANGLE, CARTESIAN CO-ORDINATE DYNAMICS
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Prasannan, S. / Matthews, S.J. / Batchelor, M. / Daniell, S. / Reece, S. / Frankel, G. / Dougan, G. / Connerton, I. / Bloomberg, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Structural Basis for Recognition of the Translocated Intimin Receptor (Tir) by Intimin from Enteropathogenic E. Coli
著者: Batchelor, M. / Prasannan, S. / Daniell, S. / Reece, S. / Connerton, I. / Bloomberg, G. / Dougan, G. / Frankel, G. / Matthews, S.J.
履歴
登録2000年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2000年10月3日ID: 1E1B
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: INTIMIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0741
ポリマ－20,0741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 15LEAST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTIMIN / INT190


分子量: 20074.328 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL 190 RESIDUE-FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: ENTEROPATHOGENIC SEROTYPE O127\:H6 / 解説: RECOMBINANT / Cell: BACTERIAL / 細胞内の位置: OUTER MEMBRANE/SURFACE / 遺伝子: EAE / Variant: STRAIN E2348/69 / プラスミド: PET3A/PLYSS / 遺伝子 (発現宿主): EAE [TRUNCATION] / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19809
構成要素の詳細FUNCTION: MEDIATES ADHERENCE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HSQC
121TRIPLE RESONANCE
13115N-NOESY
14113C-NOESY
NMR実験の詳細Text: REPRESENTATIVE STRUCTURE, LEAST ENERGY. RESONANCE ASSIGNMENTS MADE USING TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS WERE FOLLOWED BY COLLATION OF DISTANCE RESTRAINTS USING NOESY EXPERIMENTS ON 15N,13C- ...Text: REPRESENTATIVE STRUCTURE, LEAST ENERGY. RESONANCE ASSIGNMENTS MADE USING TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS WERE FOLLOWED BY COLLATION OF DISTANCE RESTRAINTS USING NOESY EXPERIMENTS ON 15N,13C-LABELLED INT190 EXPERIMENTS ON 15N, 13C-LABELLED INT190. ONE BOND DIPOLAR COUPLINGS WERE MEASURED USING COUPLED HSQC AND TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS.

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試料調製

試料状態イオン強度: 20 MM ACETATE / pH: 5.2 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
XwinNMR構造決定
AURELIA構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: HYBRID TORSION ANGLE, CARTESIAN CO-ORDINATE DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: INT190 IS A TRUNCATION OF INT280 (30KDA) WHOSE GLOBAL FOLD WAS PUBLISHED IN NATURE STRUCTURAL BIOLOGY (1999) VOL.6, PP. 313-318.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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