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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e5o | ||||||
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タイトル | Endothiapepsin complex with inhibitor DB2 | ||||||
要素 | ENDOTHIAPEPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ENDOTHIA PARASITICA (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Read, J.A. / Cooper, J.B. / Toldo, L. / Bailey, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Thesis / 年: 1999 タイトル: Refinement of Four Endothiapepsin Inhibitor Complexes. Crystallographic Studies of Cytochrome Ch from Methylobacterium Extorquens and Inhibitor Complexes of Aspartic Proteinases. 著者: Read, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e5o.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e5o.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e5o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/1e5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/1e5o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUE 90-419 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ENDOTHIA PARASITICA (菌類) / 参照: UniProt: P11838, mucorpepsin |
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#2: 化合物 | ChemComp-3AI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CATALYTIC ACTIVITY: HYDROLYSIS OF PROTEINS WITH BROAD SPECIFICITY SIMILAR TO THAT OF PEPSIN A, ...CATALYTIC ACTIVITY: HYDROLYSIS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % |
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結晶化 | pH: 5 詳細: BATCH METHOD PROTEIN: 10MG/ML, 50 MM AMMONIUM ACETATE PH 5.0, ~2.2 M AMMONIUM SULPHATE, 1% ACETONE. INHIBITOR WAS ADDED IN A 10:1 STOICHIOMETRIC RATIO. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 21510 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.29 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4APE 解像度: 2.05→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BOND LENGTHS (A) : .0003
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
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